1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtgagttccttgtacaataaaaattacatgtgcaaatgtgatattttgtacacacattaaagttgaactgatccctttattcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGTTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTCAATGAGTACATTG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g38000.2 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|15849611|gb|BI797887.1|BI797887
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAA-GGTTGTGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|58595924|gb|CK006452.1|CK006452
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|86828601|gb|CI278685.1|CI278685
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|87034012|gb|CI188636.1|CI188636
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GGTGCCAAGGGTTGCGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|58595843|gb|CK006371.1|CK006371
genomic: GGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: TCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|218482036|gb|FG948470.1|FG948470
genomic: TCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGEST: gi|88204263|gb|CI204112.1|CI204112
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAG
EST: GAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|87013765|gb|CI269264.1|CI269264
genomic: GAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|88201939|gb|CI202294.1|CI202294
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GTGCCAAGGGTTGCGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|11172968|gb|AU164547.1|AU164547
genomic: GTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|88843729|gb|CI010987.1|CI010987
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: TCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|88241379|gb|CI241228.1|CI241228
genomic: TCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|8528091|gb|AU092906.1|AU092906
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|88985689|gb|CI016398.1|CI016398
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|8335471|gb|BE040403.1|BE040403
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|218486580|gb|FG956236.1|FG956236
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCTAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|86543788|gb|CI183994.1|CI183994
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GGTGCCAAGGGTTGCGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|86415531|gb|CI029542.1|CI029542
genomic: GGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|86601679|gb|CI256184.1|CI256184
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|29627971|gb|CB632982.1|CB632982
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|87033601|gb|CI188225.1|CI188225
genomic: GGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: TGGTGCCAAGGGTTGCGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|86824266|gb|CI260850.1|CI260850
genomic: TGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|10931076|gb|AU161350.1|AU161350
genomic: GAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|218480141|gb|FG948348.1|FG948348
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|87034171|gb|CI188795.1|CI188795
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|569981|gb|D40830.1|D40830
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCNAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|86543107|gb|CI183313.1|CI183313
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|88224554|gb|CI222734.1|CI222734
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|33816742|gb|CF334205.1|CF334205
genomic: GAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|88204708|gb|CI204557.1|CI204557
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|218480755|gb|FG967531.1|FG967531
genomic: GAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|86507134|gb|CI149767.1|CI149767
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GTGGTGCCAAGGGTTGCGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|58600313|gb|CK010841.1|CK010841
genomic: GTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|89199007|gb|CI253081.1|CI253081
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|87036915|gb|CI191537.1|CI191537
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|88217288|gb|CI217137.1|CI217137
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|29625162|gb|CB630173.1|CB630173
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: CTTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCACGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|86854809|gb|CI260879.1|CI260879
genomic: C-TATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|86509526|gb|CI152159.1|CI152159
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: AGTGGTGCCAAGGTTTGCGAG GTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCEST: gi|426373|gb|D22236.1|D22236
genomic: AGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTC
EST: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTNCNAG GTCATTAGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCAT
genomic: GCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAGgtgagttcct ... tcttattcagGTCATT-GTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCAT
atgtgatattttgtacacacattaaagttgaactgatccctttattcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGTTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTCAATGAGTACATTG
aactgat putative branch site (score: 253)
tccctttattcttatt CT-rich tract
tttattcttattca TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgagttccttgtacaataaaaattacatgtgcaaatgtgatattttgtacacacattaaagttgaactgatccctttattcttattcagGTCATTGTAAGTGGAAAGCTCAGGGCCCAAAGAGCCAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGTTACATGATCTCATCTGGTCAGCCAGTCAATGAGTACATTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG