1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...tgatttctttgatgagaaagtgataacaattctaaaaaaaatattcacttgaagattacgtaattcagatttctgataatatatgaatggtctcatgcagCCATATTTACCTTCTGAAACACCTCCCGGGCTTAGAGAACTAAGGGAGAAGGAACTTAAAGACCTAAGAGGAGATGGCACAGGTGTTCGGAAATTATCTG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g08220.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
cacttgaagattacgtaattcagatttctgataatatatgaatggtctcatgcagCCATATTTACCTTCTGAAACACCTCCCGGGCTTAGAGAACTAAGGGAGAAGGAACTTAAAGACCTAAGAGGAGATGGCACAGGTGTTCGGAAATTATCTG
ttctgat putative branch site (score: 11)
atttctgataatatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgatttctttgatgagaaagtgataacaattctaaaaaaaatattcacttgaagattacgtaattcagatttctgataatatatgaatggtctcatgcagCCATATTTACCTTCTGAAACACCTCCCGGGCTTAGAGAACTAAGGGAGAAGGAACTTAAAGACCTAAGAGGAGATGGCACAGGTGTTCGGAAATTATCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - ttgatga
- - - - - - - - - - -gataacaa
- - - - - - - - - - - - - - - - -aaaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttctgat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atgaatg