1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gttctactttcccctccttttaatggatgcatgcgtaaacctccttatatacatccacctttcacggtcatcaaaataaataaaaatttgacaaatttaacagGACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATGTTTTCCTGCTGGCCTTTTCTCTGATCAGCAAAGCAAGCTATGAGAATGT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g58730.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAG GACAAGAGGACTACAATAGGCTANGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATGEST: gi|218483315|gb|FG958115.1|FG958115
genomic: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAGgttctacttt ... aatttaacagGACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATG
EST: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAG GACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATGEST: gi|88362335|gb|CI608726.1|CI608726
genomic: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAGgttctacttt ... aatttaacagGACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATG
EST: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAG GACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATGEST: gi|163919913|gb|EG714915.1|EG714915
genomic: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAGgttctacttt ... aatttaacagGACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATG
EST: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAG GACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATGEST: gi|30228239|gb|CB966130.1|CB966130
genomic: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAGgttctacttt ... aatttaacagGACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATG
EST: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAG GACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATGEST: gi|58593555|gb|CF991863.1|CF991863
genomic: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAGgttctacttt ... aatttaacagGACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATG
EST: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAG GACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATGEST: gi|88406286|gb|CI596413.1|CI596413
genomic: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAGgttctacttt ... aatttaacagGACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATG
EST: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAG GACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATGEST: gi|325493533|gb|JG458057.1|JG458057
genomic: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAGgttctacttt ... aatttaacagGACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATG
EST: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGG-ATACAGCAG GACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATGEST: gi|88314827|gb|CI608286.1|CI608286
genomic: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAGgttctacttt ... aatttaacagGACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATG
EST: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAG GACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATGEST: gi|86900291|gb|CI296334.1|CI296334
genomic: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAGgttctacttt ... aatttaacagGACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATG
EST: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAG GACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATGEST: gi|88410858|gb|CI578664.1|CI578664
genomic: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAGgttctacttt ... aatttaacagGACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATG
EST: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAG-A- -A---GAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATGEST: gi|88368345|gb|CI577616.1|CI577616
genomic: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAGgttctacttt ... aatttaacagGACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATG
EST: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAG GACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATGEST: gi|30229558|gb|CB967449.1|CB967449
genomic: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAGgttctacttt ... aatttaacagGACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATG
EST: GATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAG GACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATGEST: gi|218501655|gb|FG956603.1|FG956603
genomic: GATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAGgttctacttt ... aatttaacagGACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATG
EST: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAG GACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATGEST: gi|88337442|gb|CI630739.1|CI630739
genomic: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAGgttctacttt ... aatttaacagGACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATG
EST: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAG GACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATGEST: gi|4714260|gb|AU058227.1|AU058227
genomic: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAGgttctacttt ... aatttaacagGACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATG
EST: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAG GACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATGEST: gi|117226289|gb|CT846197.1|CT846197
genomic: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAGgttctacttt ... aatttaacagGACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATG
EST: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAG GACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATGEST: gi|32947879|gb|BP184451.1|BP184451
genomic: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAGgttctacttt ... aatttaacagGACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATG
EST: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAG GACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATGEST: gi|163920990|gb|EG710403.1|EG710403
genomic: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAGgttctacttt ... aatttaacagGACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATG
EST: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAG GACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATGEST: gi|33802327|gb|CF327037.1|CF327037
genomic: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAGgttctacttt ... aatttaacagGACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATG
EST: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAG GACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATGEST: gi|218499440|gb|FG950955.1|FG950955
genomic: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAGgttctacttt ... aatttaacagGACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATG
EST: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAG GACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATGEST: gi|218494722|gb|FG969779.1|FG969779
genomic: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAGgttctacttt ... aatttaacagGACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATG
EST: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAG GACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATGEST: gi|88406839|gb|CI578367.1|CI578367
genomic: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAGgttctacttt ... aatttaacagGACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATG
EST: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAG GACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATGEST: gi|25802725|gb|CA758686.1|CA758686
genomic: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAGgttctacttt ... aatttaacagGACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATG
EST: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAG GACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATGEST: gi|88363065|gb|CI616222.1|CI616222
genomic: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAGgttctacttt ... aatttaacagGACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATG
EST: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAG GACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATGEST: gi|58591734|gb|CF990042.1|CF990042
genomic: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAGgttctacttt ... aatttaacagGACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATG
EST: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAG GACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATGEST: gi|88693672|gb|CI737247.1|CI737247
genomic: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAGgttctacttt ... aatttaacagGACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATG
EST: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAG GACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATGEST: gi|88718274|gb|CI741363.1|CI741363
genomic: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAGgttctacttt ... aatttaacagGACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATG
EST: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAG GACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCEST: gi|3763167|gb|AU029919.1|AU029919
genomic: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAGgttctacttt ... aatttaacagGACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGC
EST: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAG GACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATGEST: gi|14980894|gb|BI305572.1|BI305572
genomic: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAGgttctacttt ... aatttaacagGACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATG
EST: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAG GACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATGEST: gi|58594206|gb|CF992514.1|CF992514
genomic: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAGgttctacttt ... aatttaacagGACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATG
EST: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGGGGGATACAGCAG GACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATGEST: gi|7134824|gb|AU082692.1|AU082692
genomic: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAGgttctacttt ... aatttaacagGACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATG
EST: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAG GACAAGAGGACTACAATA-GCTACGCCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGAT
genomic: TGTTGTGGTCGATGGGAGCACTGTGAACTTGGGGTTGTGGGATACAGCAGgttctacttt ... aatttaacagGACAAGAGGACTACAATAGGCTACG-CCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGAT
atacatccacctttcacggtcatcaaaataaataaaaatttgacaaatttaacagGACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATGTTTTCCTGCTGGCCTTTTCTCTGATCAGCAAAGCAAGCTATGAGAATGT
atttgac putative branch site (score: 38)
tcatcaaaataaataa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttctactttcccctccttttaatggatgcatgcgtaaacctccttatatacatccacctttcacggtcatcaaaataaataaaaatttgacaaatttaacagGACAAGAGGACTACAATAGGCTACGCCCGTTGAGCTATCGTGGCGCTGATGTTTTCCTGCTGGCCTTTTCTCTGATCAGCAAAGCAAGCTATGAGAATGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT