1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...gtactaaataactgaatatatgcagttttgtatctgcatatgtgcgcgtggattttgaatcatgtttgtggcgttgtgctaattaattatctcgtttcagGCAAGGAGTAGTAGCAGCGGCAGTGGAGCGGCGGCGACTGATCGTAAGAAGAGGAAGTCAGAGGAAAGGCAGGAAAGCACTGTCAAGAAGTCCAAGCAAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g45010.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
gcgtggattttgaatcatgtttgtggcgttgtgctaattaattatctcgtttcagGCAAGGAGTAGTAGCAGCGGCAGTGGAGCGGCGGCGACTGATCGTAAGAAGAGGAAGTCAGAGGAAAGGCAGGAAAGCACTGTCAAGAAGTCCAAGCAAG
tctcgtttc CT-rich tract
taattaattatct TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtactaaataactgaatatatgcagttttgtatctgcatatgtgcgcgtggattttgaatcatgtttgtggcgttgtgctaattaattatctcgtttcagGCAAGGAGTAGTAGCAGCGGCAGTGGAGCGGCGGCGACTGATCGTAAGAAGAGGAAGTCAGAGGAAAGGCAGGAAAGCACTGTCAAGAAGTCCAAGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - -aaataac
- - - - - - - - -atatgca
- - - - - - - - - - - - - - - -atctgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - tatgtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atcatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtggcg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgtgct