1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...aggtagttaagtctggaacgctggatagcatggtcattttaacctctctttctcttgattttatactctccttaattcttgtgccggctaaaaattgcagGTGGAAGATCTATCTAAGGAGCCACAGGTTGAAAGAGAGCTGATGCTTATAAAAATTAATGTTGAACCAGATCAGCGTCCTGAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g39570.5 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGCTCAACCAAGTCATCGAGCAGCTCAACAAGCTTGTCAACGTCTTGAAT GTGGAAGATCTATCTAAGGAGCCACAGGTTGAAAGAGAGCTGATGCTTATAEST: gi|58677682|gb|CK066369.1|CK066369
genomic: TGCTCAACCAAGTCATCGAGCAGCTCAACAAGCTTGTCAACGTCTTGAATgtgagccccc ... aaaattgcagGTGGAAGATCTATCTAAGGAGCCACAGGTTGAAAGAGAGCTGATGCTTATA
EST: TGCTCAACCAAGTCATCGAGCAGCTCAACAAGCTTGTCAACGTCTTGAAT GTGGACGATCTATCTAAGGAGCCACAGGTTGAAAGAGAGCTGATGCTTATA
genomic: TGCTCAACCAAGTCATCGAGCAGCTCAACAAGCTTGTCAACGTCTTGAATgtgagccccc ... aaaattgcagGTGGAAGATCTATCTAAGGAGCCACAGGTTGAAAGAGAGCTGATGCTTATA
ctctttctcttgattttatactctccttaattcttgtgccggctaaaaattgcagGTGGAAGATCTATCTAAGGAGCCACAGGTTGAAAGAGAGCTGATGCTTATAAAAATTAATGTTGAACCAGATCAGCGTCCTGAG
ggctaaa putative branch site (score: 3)
ttgattttata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aggtagttaagtctggaacgctggatagcatggtcattttaacctctctttctcttgattttatactctccttaattcttgtgccggctaaaaattgcagGTGGAAGATCTATCTAAGGAGCCACAGGTTGAAAGAGAGCTGATGCTTATAAAAATTAATGTTGAACCAGATCAGCGTCCTGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - -gctggat
- - - - - - - - - - - - - agcatgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtgccgg