1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...tgaaggatgttttcttgattgtcacagagttttcagatcaagtttgtttgattaactaggaacttttgatttagcatgctcttgttttgtgtgtttgtagGTCACGCCAAATCTTTATGGCAATCTGGTGGCTAACACGGCTGCAGGTATTGCTGGAGGCACTGGTGTCATGCCTGGAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g38200.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCAGCTTGTTGCTAAGCCTGAACAATTTGATGTTATG GTCACGCCAAATCTTTATGGCAATCTGGTGGCTAACACGGCTGCAGGTATTEST: gi|86497025|gb|CI139658.1|CI139658
genomic: GCAGCTTGTTGCTAAGCCTGAACAATTTGATGTTATGgtaagtatgt ... gtgtttgtagGTCACGCCAAATCTTTATGGCAATCTGGTGGCTAACACGGCTGCAGGTATT
EST: CAGCTTGTTGCTAAGCCTGAACAAGTTGATGTTATG GTCACG-CAAATCTTTATGGCAATCTGGTGGCTAACACGGCTGCAGGTATTEST: gi|29663735|gb|CB660010.1|CB660010
genomic: CAGCTTGTTGCTAAGCCTGAACAATTTGATGTTATGgtaagtatgt ... gtgtttgtagGTCACGCCAAATCTTTATGGCAATCTGGTGGCTAACACGGCTGCAGGTATT
EST: ACAACTGTTGTATGCAGCTTGTTGCTAAGCCTGAACAATTTGATGTTATG GTCACGCCAAATCTTTATGGCAATCTGGTGGCTAACACGGCTGCAGGTATTEST: gi|2798981|gb|AA752275.1|AA752275
genomic: ACAACTGTTGTATGCAGCTTGTTGCTAAGCCTGAACAATTTGATGTTATGgtaagtatgt ... gtgtttgtagGTCACGCCAAATCTTTATGGCAATCTGGTGGCTAACACGGCTGCAGGTATT
EST: ACAACTGTTGTATGCAGCTTGTTGCTAAGCCTGAACAATTTGATGTTATG GTCACGCCAAATCTTTATGGCAATCTGGTGGCTAACACGGCTGCAGGTATTEST: gi|86828302|gb|CI276879.1|CI276879
genomic: ACAACTGTTGTATGCAGCTTGTTGCTAAGCCTGAACAATTTGATGTTATGgtaagtatgt ... gtgtttgtagGTCACGCCAAATCTTTATGGCAATCTGGTGGCTAACACGGCTGCAGGTATT
EST: TTGTATGCAGCTTGTTGCTAAGCCTGAACAATTTGATGTTATG GTCACGCCAAATCTTTATGGCAATCTGGTGGCTAACACGGCTGCAGGTATTEST: gi|29680357|gb|CB676632.1|CB676632
genomic: TTGTATGCAGCTTGTTGCTAAGCCTGAACAATTTGATGTTATGgtaagtatgt ... gtgtttgtagGTCACGCCAAATCTTTATGGCAATCTGGTGGCTAACACGGCTGCAGGTATT
EST: ACAACTGTTGTATGCAGCTTGTTGCTAAGCCTGAACAATTTGATGTTATG GTCACGCCAAATCTTTATGGCAATCTGGTGGCTAACACGGCTGCAGGTATT
genomic: ACAACTGTTGTATGCAGCTTGTTGCTAAGCCTGAACAATTTGATGTTATGgtaagtatgt ... gtgtttgtagGTCACGCCAAATCTTTATGGCAATCTGGTGGCTAACACGGCTGCAGGTATT
gtttgattaactaggaacttttgatttagcatgctcttgttttgtgtgtttgtagGTCACGCCAAATCTTTATGGCAATCTGGTGGCTAACACGGCTGCAGGTATTGCTGGAGGCACTGGTGTCATGCCTGGAG
ttttgattta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgaaggatgttttcttgattgtcacagagttttcagatcaagtttgtttgattaactaggaacttttgatttagcatgctcttgttttgtgtgtttgtagGTCACGCCAAATCTTTATGGCAATCTGGTGGCTAACACGGCTGCAGGTATTGCTGGAGGCACTGGTGTCATGCCTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - -tgattgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtttga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tagcatg