Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tcttatttgtattatttatttccaatcttctcatttctcaatgatggtacaccacaccatgatttcactcaaatgatgtttcttgtcctgaaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGTGCTGGTCCAACCTCTTCCTCCATGGAGTGAAAGGAGCTCAGGATTCTTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g34460.2
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|4880983|gb|AU065282.1|AU065282
EST:     TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG                         AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: gi|88268468|gb|CI378403.1|CI378403
EST:     TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG                         AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: gi|88277009|gb|CI397811.1|CI397811
EST:     TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG                         AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: gi|88413976|gb|CI530948.1|CI530948
EST:     TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG                         AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: gi|86838292|gb|CI327685.1|CI327685
EST:     TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG                         AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGC-GTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: gi|88835305|gb|CI370608.1|CI370608
EST:     TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG                         AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: gi|8334614|gb|BE039598.1|BE039598
EST:     TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG                         AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: gi|88465383|gb|CI529603.1|CI529603
EST:     TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG                         AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: gi|88547790|gb|CI478114.1|CI478114
EST:     TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG                         AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: gi|88846180|gb|CI372948.1|CI372948
EST:     TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG                         AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: gi|8857955|gb|AU095273.1|AU095273
EST:     TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG                         AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: gi|86539940|gb|CI180146.1|CI180146
EST:     TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG                         AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: gi|88545849|gb|CI475439.1|CI475439
EST:     TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG                         AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: gi|86539956|gb|CI180162.1|CI180162
EST:     TTGCTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG                         AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: gi|88475609|gb|CI412880.1|CI412880
EST:     TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG                         AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: gi|88555876|gb|CI486163.1|CI486163
EST:     TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG                         AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGNCGGTGGTTTCGGT
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: gi|88987135|gb|CI034176.1|CI034176
EST:     TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCCGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG                         AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: gi|86429864|gb|CI082287.1|CI082287
EST:     TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG                         AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: gi|86838257|gb|CI327661.1|CI327661
EST:     AGAAGGGTGGTGCTCGTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG                         AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
genomic: AGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: gi|86871570|gb|CI342369.1|CI342369
EST:     TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCACCCATCATTCAGG                         AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: gi|88969558|gb|CI383067.1|CI383067
EST:     TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCACCCATCATTCAGG                         AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: gi|88506764|gb|CI434270.1|CI434270
EST:     TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG                         AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACNCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: gi|88548075|gb|CI476988.1|CI476988
EST:     TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG                         AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: gi|88295440|gb|CI527803.1|CI527803
EST:     TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG                         AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: gi|88472474|gb|CI409745.1|CI409745
EST:     TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG                         AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: gi|88438102|gb|CI538461.1|CI538461
EST:     TTGGTGGTGAGAANGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG                         AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: gi|86539973|gb|CI180179.1|CI180179
EST:     TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG                         AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
EST: gi|88534700|gb|CI463443.1|CI463443
EST:     TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGG                         AGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT
genomic: TTGGTGGTGAGAAGGGTGGTGCTCCTGCAGAATTCCAGCCATCATTCAGGgtaatcaatc ... aaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggtacaccacaccatgatttcactcaaatgatgtttcttgtcctgaaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGTGCTGGTCCAACCTCTTCCTCCATGGAGTGAAAGGAGCTCAGGATTCTTG
                                             aaatgttta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tcttatttgtattatttatttccaatcttctcatttctcaatgatggtacaccacaccatgatttcactcaaatgatgtttcttgtcctgaaatgtttagAGTTCTGGTGGTAGACCTGGCTTTGGACGCGGTGGCGGCGGTGGTTTCGGTGCTGGTCCAACCTCTTCCTCCATGGAGTGAAAGGAGCTCAGGATTCTTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTCA