1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...atcgatctgttctttcattttatgaccttgataatgtctttagttttcactgtaggaagctctttcatagccttgctaatgtttttagttttcactgtagGAAGCTCTTAAGTCATGCCTCATTGTAAATGCCCCATTACTTTACCGAGCTGCCTTCCGTGTTCCGTTCTCTGTCCTGAAGTATGCTATGACTGCAGATG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g27340.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ttcactgtaggaagctctttcatagccttgctaatgtttttagttttcactgtagGAAGCTCTTAAGTCATGCCTCATTGTAAATGCCCCATTACTTTACCGAGCTGCCTTCCGTGTTCCGTTCTCTGTCCTGAAGTATGCTATGACTGCAGATG
tgctaat putative branch site (score: 13)
ttttcact putative PPT
taatgtttttagtttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atcgatctgttctttcattttatgaccttgataatgtctttagttttcactgtaggaagctctttcatagccttgctaatgtttttagttttcactgtagGAAGCTCTTAAGTCATGCCTCATTGTAAATGCCCCATTACTTTACCGAGCTGCCTTCCGTGTTCCGTTCTCTGTCCTGAAGTATGCTATGACTGCAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - tttcatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttcactg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gccttgc