1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' |
...tcactatcaaagaattaatttctaacttaactatttagaaaatatttagaatctggtatattggaatatacatgaccaactgacatacacgatgtgtcagCAACCTTAGATGGTCACTATGAAGAGAAGAGGAAATCCAATGTTGAATACTCAGAGGATGAGAAGAAAGCCAAAATCATATCGCTGAAGAAGAAGGCAAT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g24430.2 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGTCATGACAGAAGTCCTATCAAGACCTCTTGAACACCGTCTAAGCTCTC CAACCTTAGATGGTCACTATGAAGAGAAGAGGAAATCCAATGTTGAATACTEST: gi|88402512|gb|CI598739.1|CI598739
genomic: AGTCATGACAGAAGTCCTATCAAGACCTCTTGAACACCGTCTAAGCTCTCgtaagtaaag ... gatgtgtcagCAACCTTAGATGGTCACTATGAAGAGAAGAGGAAATCCAATGTTGAATACT
EST: AGTCATGACAGAAGTCCTATCAAGACCTCTTGAACACCGTCTAAGCTCTC CAACCTTAGATGGTCACTATGAAGAGAAGAGGAAATCCAATGTTGAATACTEST: gi|88445113|gb|CI589591.1|CI589591
genomic: AGTCATGACAGAAGTCCTATCAAGACCTCTTGAACACCGTCTAAGCTCTCgtaagtaaag ... gatgtgtcagCAACCTTAGATGGTCACTATGAAGAGAAGAGGAAATCCAATGTTGAATACT
EST: AGTCATGACAGAAGTTCTATCAAGACCTCTTGAACACCGTCTAAGCTCTC CAACCTTAGATGGTCACTATGAAGAGAAGAGGAAATCCAATGTTGAATACTEST: gi|112785843|gb|EE591529.1|EE591529
genomic: AGTCATGACAGAAGTCCTATCAAGACCTCTTGAACACCGTCTAAGCTCTCgtaagtaaag ... gatgtgtcagCAACCTTAGATGGTCACTATGAAGAGAAGAGGAAATCCAATGTTGAATACT
EST: AGTCATGACAGAAGTCCTATCAAGACCTCTTGAACACCGTCTAAGCTCTC CAACCTTAGATGGTCACTATGAAGAGAAGAGGAAATCCAATGTTGAATACTEST: gi|88389044|gb|CI595278.1|CI595278
genomic: AGTCATGACAGAAGTCCTATCAAGACCTCTTGAACACCGTCTAAGCTCTCgtaagtaaag ... gatgtgtcagCAACCTTAGATGGTCACTATGAAGAGAAGAGGAAATCCAATGTTGAATACT
EST: AGTCATGACAGAAGTCCTATCAAGACCTCTTGAACACCGTCTAAGCTCTC CAACCTTAGATGGTCACTATGAAGAGAAGAGGAAATCCAATGTTGAATACT
genomic: AGTCATGACAGAAGTCCTATCAAGACCTCTTGAACACCGTCTAAGCTCTCgtaagtaaag ... gatgtgtcagCAACCTTAGATGGTCACTATGAAGAGAAGAGGAAATCCAATGTTGAATACT
ttagaatctggtatattggaatatacatgaccaactgacatacacgatgtgtcagCAACCTTAGATGGTCACTATGAAGAGAAGAGGAAATCCAATGTTGAATACTCAGAGGATGAGAAGAAAGCCAAAATCATATCGCTGAAGAAGAAGGCAAT
aactgac putative branch site (score: 14)
tatattggaatata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tcactatcaaagaattaatttctaacttaactatttagaaaatatttagaatctggtatattggaatatacatgaccaactgacatacacgatgtgtcagCAACCTTAGATGGTCACTATGAAGAGAAGAGGAAATCCAATGTTGAATACTCAGAGGATGAGAAGAAAGCCAAAATCATATCGCTGAAGAAGAAGGCAAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - -caaagaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - agaaaata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catgacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catacac