1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...tgtcgctacttgctaatatcatattttatgatctatgtatctctataatctaaataaaacattagcatttgaatttagtgtgttctctacttttgttcagCACAGACAAATTGAGTGAGTCGGTCATTCTGGAAGTTGTGAGGAAGACCTTCCCAGACCACCTCATACTTGGGGAGGAAGGTGGACTTATTGGAGATGCC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g07350.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AATAAGCCACGCAATATTCACTACAAGGGAGTTGCAGACCTGGTCACAGA CACAGACAAATTGAGTGAGTCGGTCATTCTGGAAGTTGTGAGGAAGACCTTEST: gi|29661946|gb|CB658221.1|CB658221
genomic: AATAAGCCACGCAATATTCACTACAAGGGAGTTGCAGACCTGGTCACAGAgtaaggatgc ... ttttgttcagCACAGACAAATTGAGTGAGTCGGTCATTCTGGAAGTTGTGAGGAAGACCTT
EST: AATAAGCCACGCAATATTCACTACAAGGGAGTTGCAGACCTGGTCACAGA CACAGACAAATTGAGTGAGTCGGTCATTCTGGAAGTTGTGAGGAAGACCTTEST: gi|58599477|gb|CK010005.1|CK010005
genomic: AATAAGCCACGCAATATTCACTACAAGGGAGTTGCAGACCTGGTCACAGAgtaaggatgc ... ttttgttcagCACAGACAAATTGAGTGAGTCGGTCATTCTGGAAGTTGTGAGGAAGACCTT
EST: AATAAGCCACGCAATATTCACTACAAGGGAGTTGCAGACCTGGTCACAGA CACAGACAAATTGAGTGAGTCGGTCATTCTGGAAGTTGTGAGGAAGACCTT
genomic: AATAAGCCACGCAATATTCACTACAAGGGAGTTGCAGACCTGGTCACAGAgtaaggatgc ... ttttgttcagCACAGACAAATTGAGTGAGTCGGTCATTCTGGAAGTTGTGAGGAAGACCTT
taatctaaataaaacattagcatttgaatttagtgtgttctctacttttgttcagCACAGACAAATTGAGTGAGTCGGTCATTCTGGAAGTTGTGAGGAAGACCTTCCCAGACCACCTCATACTTGGGGAGGAAGGTGGACTTATTGGAGATGCC
atctaaa putative branch site (score: 12)
ttctctacttttgttc putative PPT
taaataaaacattagc TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgtcgctacttgctaatatcatattttatgatctatgtatctctataatctaaataaaacattagcatttgaatttagtgtgttctctacttttgttcagCACAGACAAATTGAGTGAGTCGGTCATTCTGGAAGTTGTGAGGAAGACCTTCCCAGACCACCTCATACTTGGGGAGGAAGGTGGACTTATTGGAGATGCC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - tacttgc
- - - - - - - - - - - - -ttatgat
- - - - - - - - - - - - - - - - -tatgtat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaataaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcatttg