Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgccattggatgatagctgttaacagttaatttttgttattgttgaactagacaacagctcttgtattcctctgatctatttgtgtgcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCTGCTTTGCCGGAAGGTGGTGTTCTACTCCTAGAGAATGTTAGATTCTACA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g07260.2
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g07260.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G382914_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gtatgccattggatgatagctgttaacagttaatttttg-ttattgttgaactagacaacagctcttgtattcctctgatctatttgtgtgcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCTGCTTTGCCGGAAGGTGGTGTTCTACTCCTAGAGAATGTTAGATTCTACA
                    || ||| | || |  || | ||||| | | ||  | | |    ||   |||||         || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
-----------------gtatgctaagatttgacattagcttattttagtacctg-ctatctttcagttattctaagtgctaatatgtgtgcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCCGCTTTGCCAGAAGGTGGAGTTCTGCTCCTAGAGAATGTTAGATTCTACA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33794558|gb|CF323166.1|CF323166
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGNAGGGAAGTTGAGAAATTGGCTG
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTG-AGG-AAGTTGAGAAATTGGCTG
EST: gi|58675077|gb|CK063764.1|CK063764
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|88362801|gb|CI614157.1|CI614157
EST:     A-AGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTATGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAG
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAG
EST: gi|33678660|gb|CF306899.1|CF306899
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|58605824|gb|CK033857.1|CK033857
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|29656603|gb|CB652878.1|CB652878
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|14574908|gb|AU197198.1|AU197198
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|13806339|gb|AU181481.1|AU181481
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|33794797|gb|CF323278.1|CF323278
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|58667980|gb|CK056666.1|CK056666
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|33690674|gb|CF318913.1|CF318913
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|300216018|gb|HO088644.1|HO088644
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|163918048|gb|EG713148.1|EG713148
EST:     GAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: GAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|13904803|gb|BF889441.1|BF889441
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|2310338|gb|C26493.1|C26493
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTNTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTNATGGCCAATNATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|29676664|gb|CB672939.1|CB672939
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|33793275|gb|CF322518.1|CF322518
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTG-AGGAAGTTGAGAAATTGGCTGC
EST: gi|33797454|gb|CF324587.1|CF324587
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|29686925|gb|CB683200.1|CB683200
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|163917828|gb|EG713114.1|EG713114
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|32947941|gb|BP184513.1|BP184513
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|29656155|gb|CB652430.1|CB652430
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|29614437|gb|CB619450.1|CB619450
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|27554028|gb|CA997928.1|CA997928
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|4878615|gb|AU062914.1|AU062914
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTNATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
EST: gi|117247218|gb|CT848558.1|CT848558
EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGAT                         GTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccatt ... gcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttgaactagacaacagctcttgtattcctctgatctatttgtgtgcataaatagGTTGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAATTGGCTGCTGCTTTGCCGGAAGGTGGTGTTCTACTCCTAGAGAATGTTAGATTCTACA
                            ctctgat  putative branch site (score: 4)
                                               ataaata  TA-rich tract