1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...cccaatagtttccaagattatctaaagagagtatgcacgaccacatatgatttccatcagtcatacggtaccaacccttgcttcctttctatttttgcagACTATGTGAGGGTGGTGAACTATTGGACCGGATTTTGGCAAA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g03410.2 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CACTTCTACAATGCGTTTGAAGATGACTCATATGTATATATTGTGATGGA ACTATGTGAGGGTGGTGAACTATTGGACCGGATTTTGGCAAAEST: gi|58590583|gb|CF988891.1|CF988891
genomic: CACTTCTACAATGCGTTTGAAGATGACTCATATGTATATATTGTGATGGAgtaagtagtt ... atttttgcagACTATGTGAGGGTGGTGAACTATTGGACCGGATTTTGGCAAA
EST: CACTTCTACAATGCGTTTGAAGATGACTCATATGTATATATTGTGATGGA ACTATGTGAGGGTGGTEST: gi|29644214|gb|CB649221.1|CB649221
genomic: CACTTCTACAATGCGTTTGAAGATGACTCATATGTATATATTGTGATGGAgtaagtagtt ... atttttgcagACTATGTGAGGGTGGT
EST: CACTTCTACAATGCGTTTGAAGATGACTCATATGTATATATTGTGATGGA ACTATGTGAGGGTGGTGAACTATTGGACCGGATTTTGGCAAAEST: gi|218492077|gb|FG943382.1|FG943382
genomic: CACTTCTACAATGCGTTTGAAGATGACTCATATGTATATATTGTGATGGAgtaagtagtt ... atttttgcagACTATGTGAGGGTGGTGAACTATTGGACCGGATTTTGGCAAA
EST: CACTTCTACAATGCGTTTGAAGATGACTCATATGTATATATTGTGATGGA ACTATGTGAGGGTGGTGAACTATTGGACCGGATTTTGGCAAAEST: gi|29657420|gb|CB653695.1|CB653695
genomic: CACTTCTACAATGCGTTTGAAGATGACTCATATGTATATATTGTGATGGAgtaagtagtt ... atttttgcagACTATGTGAGGGTGGTGAACTATTGGACCGGATTTTGGCAAA
EST: CACTTCTACAATGCGTTTGAAGATGACTCATATGTATATATTGTGATGGA ACTATGTGAGGGTGGTGAACTATTGGACCGGATTTTGGCAAA
genomic: CACTTCTACAATGCGTTTGAAGATGACTCATATGTATATATTGTGATGGAgtaagtagtt ... atttttgcagACTATGTGAGGGTGGTGAACTATTGGACCGGATTTTGGCAAA
tatgatttccatcagtcatacggtaccaacccttgcttcctttctatttttgcagACTATGTGAGGGTGGTGAACTATTGGACCGGATTTTGGCAAA
cccttgcttcctttct CT-rich tract
tttctattttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cccaatagtttccaagattatctaaagagagtatgcacgaccacatatgatttccatcagtcatacggtaccaacccttgcttcctttctatttttgcagACTATGTGAGGGTGGTGAACTATTGGACCGGATTTTGGCAAA
- - - - - - - - - - - - - - - gtatgca