Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cccaatagtttccaagattatctaaagagagtatgcacgaccacatatgatttccatcagtcatacggtaccaacccttgcttcctttctatttttgcagACTATGTGAGGGTGGTGAACTATTGGACCGGATTTTGGCAAA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g03410.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g03410.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G053868_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
------cccaatagtttccaagattatctaaagagagtatgcacgaccacatatgatttccatcagtcatacggtaccaacccttgcttcctttctatttttgcagACTATGTGAGGGTGGTGAACTATTGGACCGGATTTTGGCAAA
         ||| || | || | | || | |    |  ||  | |  |  |||||         | ||||  |  |  |        || | || | ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||
ttagctaagaatggtatacatggtcatgtgatttcaa-atagatgttcctatatgccagaaccaactcatgagtcataagtt-----ttaccttgtgtttttgcagGCTATGTGAGGGCGGTGAACTATTAGATCGGATTTTGGCAAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29641793|gb|CB646800.1|CB646800
EST:     CACTTCTACAATGCGTTTGAAGATGACTCATATGTATATATTGTGATGGA                         ACTATGTGAGGGTGGTGAACTATTGGACCGGATTTTGGCAAA
genomic: CACTTCTACAATGCGTTTGAAGATGACTCATATGTATATATTGTGATGGAgtaagtagtt ... atttttgcagACTATGTGAGGGTGGTGAACTATTGGACCGGATTTTGGCAAA
EST: gi|58590583|gb|CF988891.1|CF988891
EST:     CACTTCTACAATGCGTTTGAAGATGACTCATATGTATATATTGTGATGGA                         ACTATGTGAGGGTGGT
genomic: CACTTCTACAATGCGTTTGAAGATGACTCATATGTATATATTGTGATGGAgtaagtagtt ... atttttgcagACTATGTGAGGGTGGT
EST: gi|29644214|gb|CB649221.1|CB649221
EST:     CACTTCTACAATGCGTTTGAAGATGACTCATATGTATATATTGTGATGGA                         ACTATGTGAGGGTGGTGAACTATTGGACCGGATTTTGGCAAA
genomic: CACTTCTACAATGCGTTTGAAGATGACTCATATGTATATATTGTGATGGAgtaagtagtt ... atttttgcagACTATGTGAGGGTGGTGAACTATTGGACCGGATTTTGGCAAA
EST: gi|218492077|gb|FG943382.1|FG943382
EST:     CACTTCTACAATGCGTTTGAAGATGACTCATATGTATATATTGTGATGGA                         ACTATGTGAGGGTGGTGAACTATTGGACCGGATTTTGGCAAA
genomic: CACTTCTACAATGCGTTTGAAGATGACTCATATGTATATATTGTGATGGAgtaagtagtt ... atttttgcagACTATGTGAGGGTGGTGAACTATTGGACCGGATTTTGGCAAA
EST: gi|29657420|gb|CB653695.1|CB653695
EST:     CACTTCTACAATGCGTTTGAAGATGACTCATATGTATATATTGTGATGGA                         ACTATGTGAGGGTGGTGAACTATTGGACCGGATTTTGGCAAA
genomic: CACTTCTACAATGCGTTTGAAGATGACTCATATGTATATATTGTGATGGAgtaagtagtt ... atttttgcagACTATGTGAGGGTGGTGAACTATTGGACCGGATTTTGGCAAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatgatttccatcagtcatacggtaccaacccttgcttcctttctatttttgcagACTATGTGAGGGTGGTGAACTATTGGACCGGATTTTGGCAAA
                             cccttgcttcctttct  CT-rich tract
                                        tttctattttt  TA-rich tract