1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtaagcattatttgaatcacttatttgcacagttatcctttatacaaatatctccctaattctttaccttatcctgtgcttagTTATTGGCAATGATTGGCGAACAATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGGAGCAGTTGTTAGTGTGCGTGGCAAGCAGGAAAGAATAGCTATCTGGACTA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g73880.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGACCTTCAGCTGTGGCAGAGGAAAGTCCGACACAATGTGGTTGCATACT TTATTGGCAATGATTGGCGAACAATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGGAEST: gi|88424017|gb|CI689716.1|CI689716
genomic: GGACCTTCAGCTGTGGCAGAGGAAAGTCCGACACAATGTGGTTGCATACTgtaagcatta ... ctgtgcttagTTATTGGCAATGATTGGCGAACAATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGGA
EST: GGACCTTCAGCTGTGGCAGAGGAAAGTCCGACACAATGTGGTTGCATACT TTATTGGCAACGATTGGCGAACAATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGGAEST: gi|14571254|gb|BI118622.1|BI118622
genomic: GGACCTTCAGCTGTGGCAGAGGAAAGTCCGACACAATGTGGTTGCATACTgtaagcatta ... ctgtgcttagTTATTGGCAATGATTGGCGAACAATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGGA
EST: GGACCTTCAGCTGTGGCAGAGGAAAGTCCGACACAATGTGGTTGCATACT TTATTGGCAATGATTGGCGAACAATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGGAEST: gi|58680307|gb|CK068994.1|CK068994
genomic: GGACCTTCAGCTGTGGCAGAGGAAAGTCCGACACAATGTGGTTGCATACTgtaagcatta ... ctgtgcttagTTATTGGCAATGATTGGCGAACAATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGGA
EST: GGACCTTCAGCTGTGGCAGAGGAAAGTCCGACACAATGTGGTTGCATACT TTATTGGCAATGATTGGCGAACAATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGGAEST: gi|58692941|gb|CK081628.1|CK081628
genomic: GGACCTTCAGCTGTGGCAGAGGAAAGTCCGACACAATGTGGTTGCATACTgtaagcatta ... ctgtgcttagTTATTGGCAATGATTGGCGAACAATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGGA
EST: GGACCTTCAGCTGTGGCAGAGGAAAGTCCGACACAATGTGGTTGCATACT TTATTGGCAATGATTGGCGAACCATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGGAEST: gi|8527831|gb|AU092646.1|AU092646
genomic: GGACCTTCAGCTGTGGCAGAGGAAAGTCCGACACAATGTGGTTGCATACTgtaagcatta ... ctgtgcttagTTATTGGCAATGATTGGCGAACAATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGGA
EST: GGACNTTCAGCTGTGCCAGAGGAAAGTCCGACACAATGTGGTTGCATACT TTATTGGCAATGATTGGCGAACAATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGAAEST: gi|14571263|gb|BI118631.1|BI118631
genomic: GGACCTTCAGCTGTGGCAGAGGAAAGTCCGACACAATGTGGTTGCATACTgtaagcatta ... ctgtgcttagTTATTGGCAATGATTGGCGAACAATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGGA
EST: GGACCTTCAGCTGTGGCAGAGGAAAGTCCGACACAATGTGGTTGCATACT TTATTGGCAATGATTGGCGAACAATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGGAEST: gi|88213475|gb|CI213324.1|CI213324
genomic: GGACCTTCAGCTGTGGCAGAGGAAAGTCCGACACAATGTGGTTGCATACTgtaagcatta ... ctgtgcttagTTATTGGCAATGATTGGCGAACAATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGGA
EST: CCTTCAGCTGTGGCAGAGGAAAGTCCGACACAATGTGGTTGCATACT TTATTGGCAATGATTGGCGAACAATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGGAEST: gi|86543932|gb|CI184138.1|CI184138
genomic: CCTTCAGCTGTGGCAGAGGAAAGTCCGACACAATGTGGTTGCATACTgtaagcatta ... ctgtgcttagTTATTGGCAATGATTGGCGAACAATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGGA
EST: GGACCTTCAGCTGTGGCAGAGGAAAGTCCGACACAATGTGGTTGCATACT TTATTGGCAATGATTGGCGAACAATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGGAEST: gi|88578465|gb|CI687398.1|CI687398
genomic: GGACCTTCAGCTGTGGCAGAGGAAAGTCCGACACAATGTGGTTGCATACTgtaagcatta ... ctgtgcttagTTATTGGCAATGATTGGCGAACAATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGGA
EST: GGACCTTCAGCTGTGGCAGAGGAAAGTCCGACACAATGTGGTTGCATACT TTATTGGCAACGATTGGCGAACAATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGGAEST: gi|66922020|gb|CX108868.1|CX108868
genomic: GGACCTTCAGCTGTGGCAGAGGAAAGTCCGACACAATGTGGTTGCATACTgtaagcatta ... ctgtgcttagTTATTGGCAATGATTGGCGAACAATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGGA
EST: GGACCTTCAGCTGTGGCAGAGGAAAGTCCGACACAATGTGGTTGCATACT TTATTGGCAATGATTGGCGAACAATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGGAEST: gi|58686020|gb|CK074707.1|CK074707
genomic: GGACCTTCAGCTGTGGCAGAGGAAAGTCCGACACAATGTGGTTGCATACTgtaagcatta ... ctgtgcttagTTATTGGCAATGATTGGCGAACAATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGGA
EST: GGACCTTCAGCTGTGGCAGAGGAAAGTCCGACACAATGTGGTTGCATACT TTATTGGCAATGATTGGCGAACAATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGGAEST: gi|87034065|gb|CI187427.1|CI187427
genomic: GGACCTTCAGCTGTGGCAGAGGAAAGTCCGACACAATGTGGTTGCATACTgtaagcatta ... ctgtgcttagTTATTGGCAATGATTGGCGAACAATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGGA
EST: GGACCTTCAGCTGTGGCAGAGGAAAGTCCGACACAATGTGGTTGCATACT TTATTGGCAATGATTGGCGAACAATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGGAEST: gi|27578259|gb|CB000954.1|CB000954
genomic: GGACCTTCAGCTGTGGCAGAGGAAAGTCCGACACAATGTGGTTGCATACTgtaagcatta ... ctgtgcttagTTATTGGCAATGATTGGCGAACAATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGGA
EST: GGACCTTCAGCTGTGGCATATGAAAGTCCGACACAATGTGGTTGCATACT TTATTGGCAATGATTGGCGAACAATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGGAEST: gi|10794861|gb|AU108827.1|AU108827
genomic: GGACCTTCAGCTGTGGCAGAGGAAAGTCCGACACAATGTGGTTGCATACTgtaagcatta ... ctgtgcttagTTATTGGCAATGATTGGCGAACAATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGGA
EST: GGACCTTCAGCTGTGGCAGAGGAAAGTCCGNCACAATGTGGTNGCATACT TTATTGGCNAATGATTGGCGAANAATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGGEST: gi|86529829|gb|CI170035.1|CI170035
genomic: GGACCTTCAGCTGTGGCAGAGGAAAGTCCGACACAATGTGGTTGCATACTgtaagcatta ... ctgtgcttagTTATTGGC-AATGATTGGCGAACAATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGG
EST: GGACCTTCAGCTGTGGCAGAGGAAAGTCCGACACAATGTGGTTGCATACT TTATTGGCAATGATTGGCGAACAATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGGAEST: gi|8858103|gb|AU095421.1|AU095421
genomic: GGACCTTCAGCTGTGGCAGAGGAAAGTCCGACACAATGTGGTTGCATACTgtaagcatta ... ctgtgcttagTTATTGGCAATGATTGGCGAACAATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGGA
EST: GGACCTTCAGCTGTGGCAGAGGAAAGTCCGACACAATGTGGTTGCATACT TTATTGGCAATGATTGGCGAACAATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGGAEST: gi|86527733|gb|CI167939.1|CI167939
genomic: GGACCTTCAGCTGTGGCAGAGGAAAGTCCGACACAATGTGGTTGCATACTgtaagcatta ... ctgtgcttagTTATTGGCAATGATTGGCGAACAATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGGA
EST: GGACCTTCAGCTGTGGCAGAGGAAAGTCCGACACAATGTGGTTGCATACT TTATTGGCAATGATTGGCGAACAATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGGA
genomic: GGACCTTCAGCTGTGGCAGAGGAAAGTCCGACACAATGTGGTTGCATACTgtaagcatta ... ctgtgcttagTTATTGGCAATGATTGGCGAACAATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGGA
acagttatcctttatacaaatatctccctaattctttaccttatcctgtgcttagTTATTGGCAATGATTGGCGAACAATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGGAGCAGTTGTTAGTGTGCGTGGCAAGCAGGAAAGAATAGCTATCTGGACTA
ccctaat putative branch site (score: 67)
ttctttaccttatcct CT-rich tract
tttatacaaatatct TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagcattatttgaatcacttatttgcacagttatcctttatacaaatatctccctaattctttaccttatcctgtgcttagTTATTGGCAATGATTGGCGAACAATTCGATTATGGGGATGAAATTTGTGGAGCAGTTGTTAGTGTGCGTGGCAAGCAGGAAAGAATAGCTATCTGGACTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA