1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gttagttaattttcctgccacgctgtaaaactgttagttcgcacaattgggatgttcagattctcttttgcctgctaatacatttgtagcacccaacgaattgatcatttcttcatgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTAGGCAGGCCACGCCACACTGGTGTCATGGTTGGTATGGGCCAGAAGGATG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g64630.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAG GCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTAEST: gi|88325069|gb|CI646485.1|CI646485
genomic: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAGgttagttaat ... tgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTA
EST: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAG GCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTAEST: gi|86906822|gb|CI291219.1|CI291219
genomic: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAGgttagttaat ... tgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTA
EST: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAG GCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTAEST: gi|86883922|gb|CI309176.1|CI309176
genomic: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAGgttagttaat ... tgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTA
EST: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAG GCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTAEST: gi|88333746|gb|CI643778.1|CI643778
genomic: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAGgttagttaat ... tgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTA
EST: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAG GCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTAEST: gi|88382416|gb|CI633274.1|CI633274
genomic: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAGgttagttaat ... tgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTA
EST: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAG GCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTAEST: gi|88330770|gb|CI636778.1|CI636778
genomic: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAGgttagttaat ... tgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTA
EST: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAG GCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTAEST: gi|4714771|gb|AU055888.1|AU055888
genomic: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAGgttagttaat ... tgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTA
EST: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAG GCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTAEST: gi|88302138|gb|CI667984.1|CI667984
genomic: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAGgttagttaat ... tgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTA
EST: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAG GCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTAEST: gi|88742073|gb|CI765581.1|CI765581
genomic: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAGgttagttaat ... tgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTA
EST: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAG GCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTAEST: gi|88356183|gb|CI627631.1|CI627631
genomic: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAGgttagttaat ... tgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTA
EST: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAG GCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCCTGTCTTTCCTAGCATTGTEST: gi|88739038|gb|CI762546.1|CI762546
genomic: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAGgttagttaat ... tgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGG-CTGTCTTTCCTAGCATTGT
EST: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAG GCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTAEST: gi|88332231|gb|CI643648.1|CI643648
genomic: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAGgttagttaat ... tgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTA
EST: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAG GCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTAEST: gi|88340571|gb|CI647525.1|CI647525
genomic: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAGgttagttaat ... tgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTA
EST: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAG GCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTAEST: gi|29613794|gb|CB618807.1|CB618807
genomic: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAGgttagttaat ... tgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTA
EST: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAG GCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTAEST: gi|88825649|gb|CI776214.1|CI776214
genomic: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAGgttagttaat ... tgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTA
EST: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAG GCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTAEST: gi|13807445|gb|AU181959.1|AU181959
genomic: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAGgttagttaat ... tgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTA
EST: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAG GCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTAEST: gi|88765332|gb|CI774426.1|CI774426
genomic: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAGgttagttaat ... tgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTA
EST: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAG GCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTAEST: gi|88338591|gb|CI656892.1|CI656892
genomic: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAGgttagttaat ... tgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTA
EST: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAG GCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTAEST: gi|88761231|gb|CI770787.1|CI770787
genomic: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAGgttagttaat ... tgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTA
EST: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAG GCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTAEST: gi|88348547|gb|CI634142.1|CI634142
genomic: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAGgttagttaat ... tgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTA
EST: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAG GCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTAEST: gi|88334081|gb|CI641132.1|CI641132
genomic: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAGgttagttaat ... tgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTA
EST: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAG GCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTAEST: gi|88372104|gb|CI641739.1|CI641739
genomic: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAGgttagttaat ... tgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTA
EST: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAG GCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTAEST: gi|88338364|gb|CI655553.1|CI655553
genomic: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAGgttagttaat ... tgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTA
EST: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAG GCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTAEST: gi|88737227|gb|CI760735.1|CI760735
genomic: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAGgttagttaat ... tgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTA
EST: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAG GCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTAEST: gi|88739136|gb|CI762644.1|CI762644
genomic: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAGgttagttaat ... tgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTA
EST: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAG GCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTAEST: gi|29658476|gb|CB654751.1|CB654751
genomic: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAGgttagttaat ... tgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTA
EST: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAG GCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTAEST: gi|88341616|gb|CI641368.1|CI641368
genomic: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAGgttagttaat ... tgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTA
EST: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAG GCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTAEST: gi|33693145|gb|CF321384.1|CF321384
genomic: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAGgttagttaat ... tgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTA
EST: AAGAGGATATTCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAG GCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTAEST: gi|88348888|gb|CI653932.1|CI653932
genomic: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAGgttagttaat ... tgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTA
EST: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAG GCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTAEST: gi|88312389|gb|CI584912.1|CI584912
genomic: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAGgttagttaat ... tgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTA
EST: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAG GCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTAEST: gi|88741930|gb|CI764435.1|CI764435
genomic: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAGgttagttaat ... tgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTA
EST: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAG GCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTAEST: gi|88307092|gb|CI640526.1|CI640526
genomic: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAGgttagttaat ... tgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTA
EST: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAG GCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTAEST: gi|88341382|gb|CI635580.1|CI635580
genomic: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAGgttagttaat ... tgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTA
EST: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAG GCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTAEST: gi|88760322|gb|CI769878.1|CI769878
genomic: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAGgttagttaat ... tgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTA
EST: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAG GCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTAEST: gi|88404850|gb|CI583657.1|CI583657
genomic: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAGgttagttaat ... tgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTA
EST: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAG GCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTA
genomic: AAGAGGATATCCAGCCTATTGTCTGTGACAATGGCACTGGAATGGTCAAGgttagttaat ... tgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTA
cctgctaatacatttgtagcacccaacgaattgatcatttcttcatgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTAGGCAGGCCACGCCACACTGGTGTCATGGTTGGTATGGGCCAGAAGGATG
tttcttcat CT-rich tract
taatacattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttagttaattttcctgccacgctgtaaaactgttagttcgcacaattgggatgttcagattctcttttgcctgctaatacatttgtagcacccaacgaattgatcatttcttcatgtggaatagGCCGGTTTTGCTGGTGATGATGCACCCAGGGCTGTCTTTCCTAGCATTGTAGGCAGGCCACGCCACACTGGTGTCATGGTTGGTATGGGCCAGAAGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG