1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...tatccaatcatataccttgctatcatttttagaaaggcttgctatctactattgctcgagaagatattcctccaattgaaccattggtttcttgctacagGACTGATGGAATTGGTCTCTCTGCACCACAAGTTGGGGTGAATGTACAACTTATGGTATTTAATCCAGCTGGTGTGAAGGGAGAAGGAGAGGAGATTGTC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g44980.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ctactattgctcgagaagatattcctccaattgaaccattggtttcttgctacagGACTGATGGAATTGGTCTCTCTGCACCACAAGTTGGGGTGAATGTACAACTTATGGTATTTAATCCAGCTGGTGTGAAGGGAGAAGGAGAGGAGATTGTC
tttcttgct CT-rich tract
aagatatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tatccaatcatataccttgctatcatttttagaaaggcttgctatctactattgctcgagaagatattcctccaattgaaccattggtttcttgctacagGACTGATGGAATTGGTCTCTCTGCACCACAAGTTGGGGTGAATGTACAACTTATGGTATTTAATCCAGCTGGTGTGAAGGGAGAAGGAGAGGAGATTGTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - -cttgcta
- - - - - - - - - - - - - - - - - -ggcttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tattgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgaacca