1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...gttcataatttgtgctgaaattgttcacaggcgattcagttgtcaattgttgatacattacttggagaataagtgattggtagtatactaatatatgcagAAATCTATCATTGGGTTGCTGGACCATGGATGAAGTGCTCCTCGCCATGCGATGGTGGTGTGCG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g42510.2 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGGTTACTGTAAGAGTGGTGCTGAGCTATCAATGCAGTTAAAACCACACG AAATCTATCATTGGGTTGCTGGACCATGGATGAAGTGCTCCTCGCCATGCG
genomic: GGGTTACTGTAAGAGTGGTGCTGAGCTATCAATGCAGTTAAAACCACACGgtatatttaa ... atatatgcagAAATCTATCATTGGGTTGCTGGACCATGGATGAAGTGCTCCTCGCCATGCG
attgttgatacattacttggagaataagtgattggtagtatactaatatatgcagAAATCTATCATTGGGTTGCTGGACCATGGATGAAGTGCTCCTCGCCATGCGATGGTGGTGTGCG
tactaat putative branch site (score: 1)
tagtatactaatatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttcataatttgtgctgaaattgttcacaggcgattcagttgtcaattgttgatacattacttggagaataagtgattggtagtatactaatatatgcagAAATCTATCATTGGGTTGCTGGACCATGGATGAAGTGCTCCTCGCCATGCGATGGTGGTGTGCG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - tgctgaa
- - - - - - - - - - - - -cacaggc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttgttga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gagaataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtgattg