1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...gttgacattagtttttatggtggttctatgttatggtgaagttggcattaaaaagtattgtttcagtgcatttatttaattgctttgaattttcacacagCCTGTATATGGATTTGCTTCCGGTGACCCCTTGCGGTTTAAGAGAGCTGTGGGACACAAGGATCTCTTCTATATTGATGACAGGGAGGTAGACTTCAAAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g32750.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCCTGACTGCCGATGATGTTGATAGTGCTCTCAGCCTCAGGAATGTTGAG CCTGTATATGGATTTGCTTCCGGTGACCCCTTGCGGTTTAAGAGAGCTGTGEST: gi|29614712|gb|CB619725.1|CB619725
genomic: TCCTGACTGCCGATGATGTTGATAGTGCTCTCAGCCTCAGGAATGTTGAGgtagtttcta ... tttcacacagCCTGTATATGGATTTGCTTCCGGTGACCCCTTGCGGTTTAAGAGAGCTGTG
EST: TCCTGACTGCCGATGATGTTGATAGTGCTCTCAGCCTCAGGAATGTTGAG CCTGTATATGGATTTGCTTCCGGTGACCCCTTGCGGTTTAAGAGAGCTGTGEST: gi|88352072|gb|CI626072.1|CI626072
genomic: TCCTGACTGCCGATGATGTTGATAGTGCTCTCAGCCTCAGGAATGTTGAGgtagtttcta ... tttcacacagCCTGTATATGGATTTGCTTCCGGTGACCCCTTGCGGTTTAAGAGAGCTGTG
EST: TCCTGACTGCCGATGATGTTGATAGTGCTCTCAGCCTCAGGAATGTTGAG CCTGTATATGGATTTGCTTCCGGTGACCCCTTGCGGTTTAAGAGAGCTGTGEST: gi|88334913|gb|CI648688.1|CI648688
genomic: TCCTGACTGCCGATGATGTTGATAGTGCTCTCAGCCTCAGGAATGTTGAGgtagtttcta ... tttcacacagCCTGTATATGGATTTGCTTCCGGTGACCCCTTGCGGTTTAAGAGAGCTGTG
EST: TCCTGACTGCCGATGATGTTGATAGTGCTCTCAGCCTCAGGAATGTTGAG CCTGTATATGGATTTGCTTCCGGTGACCCCTTGCGGTTTAAGAGAGCTGTGEST: gi|88325722|gb|CI648166.1|CI648166
genomic: TCCTGACTGCCGATGATGTTGATAGTGCTCTCAGCCTCAGGAATGTTGAGgtagtttcta ... tttcacacagCCTGTATATGGATTTGCTTCCGGTGACCCCTTGCGGTTTAAGAGAGCTGTG
EST: TCCTGACTGCCGATGATGTTGATAGTGCTCTCAGCCTCAGGAATGTTGAG CCTGTATATGGATTTGCTTCCGGTGACCCCTTGCGGTTTAAGAGAGCTGTGEST: gi|29681488|gb|CB677763.1|CB677763
genomic: TCCTGACTGCCGATGATGTTGATAGTGCTCTCAGCCTCAGGAATGTTGAGgtagtttcta ... tttcacacagCCTGTATATGGATTTGCTTCCGGTGACCCCTTGCGGTTTAAGAGAGCTGTG
EST: TCCTGACTGCCGATGATGTTGATAGTGCTCTCAGCCTCAGGAATGTTGAG CCTGTATATGGATTTGCTTCCGGTGACCCCTTGCGGTTTAAGAGAGCTGTGEST: gi|88372867|gb|CI640318.1|CI640318
genomic: TCCTGACTGCCGATGATGTTGATAGTGCTCTCAGCCTCAGGAATGTTGAGgtagtttcta ... tttcacacagCCTGTATATGGATTTGCTTCCGGTGACCCCTTGCGGTTTAAGAGAGCTGTG
EST: TCCTGACTGCCGATGATGTTGATAGTGCTCTCAGCCTCAGGAATGTTGAG CCTGTATATGGATTTGCTTCCGGTGACCCCTTGCGGTTTAAGAGAGCTGTG
genomic: TCCTGACTGCCGATGATGTTGATAGTGCTCTCAGCCTCAGGAATGTTGAGgtagtttcta ... tttcacacagCCTGTATATGGATTTGCTTCCGGTGACCCCTTGCGGTTTAAGAGAGCTGTG
cattaaaaagtattgtttcagtgcatttatttaattgctttgaattttcacacagCCTGTATATGGATTTGCTTCCGGTGACCCCTTGCGGTTTAAGAGAGCTGTGGGACACAAGGATCTCTTCTATATTGATGACAGGGAGGTAGACTTCAAAG
atttaat putative branch site (score: 22)
ttttcac putative PPT
atttatttaattgctt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttgacattagtttttatggtggttctatgttatggtgaagttggcattaaaaagtattgtttcagtgcatttatttaattgctttgaattttcacacagCCTGTATATGGATTTGCTTCCGGTGACCCCTTGCGGTTTAAGAGAGCTGTGGGACACAAGGATCTCTTCTATATTGATGACAGGGAGGTAGACTTCAAAG
- - - - - - - - - - tggttct
- - - - - - - - - - - - - - tgttatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tggcatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaaagta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgcatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgctttg