1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...tgcacattggctgaagatcatatttatttttgagcaaattcttgcatctgagatgaaaatcagaatgcatatatgcatgcactttatgaaatttgtgcagTTTGTGCATAAGTCAGCGAGGATTGATTTTTCTTTCCCTGCAAGAAGAAGAAAGAGTAATAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g18410.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
atctgagatgaaaatcagaatgcatatatgcatgcactttatgaaatttgtgcagTTTGTGCATAAGTCAGCGAGGATTGATTTTTCTTTCCCTGCAAGAAGAAGAAAGAGTAATAG
actttatgaaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgcacattggctgaagatcatatttatttttgagcaaattcttgcatctgagatgaaaatcagaatgcatatatgcatgcactttatgaaatttgtgcagTTTGTGCATAAGTCAGCGAGGATTGATTTTTCTTTCCCTGCAAGAAGAAGAAAGAGTAATAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
-gcacatt
- - - - -gctgaag
- - - - - - - - - - - - - - - -gagcaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcttgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gatgaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcatgc