1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...aaatatgctttggtcatccttaatttccgatgctattttactgcaattgagcttgacattcatgttagtgctctaactagtttttgaaaaattgttacagAGAGCTGTACAAAAACAATATTCAGGGCACTATCCCAGCTGAGCTCGGGAGTCTGAAGAACCTTATTAGCTTGGATCTGTATAACAACAACATTACTGGA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g17250.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCAGGCCATCTTGCTCCTGAACTGGGACACCTTGAGCATCTCCAATATCT AGAGCTGTACAAAAACAATATTCAGGGCACTATCCCAGCTGAGCTCGGGAG
genomic: TCAGGCCATCTTGCTCCTGAACTGGGACACCTTGAGCATCTCCAATATCTgtaagtcttt ... attgttacagAGAGCTGTACAAAAACAATATTCAGGGCACTATCCCAGCTGAGCTCGGGAG
attgagcttgacattcatgttagtgctctaactagtttttgaaaaattgttacagAGAGCTGTACAAAAACAATATTCAGGGCACTATCCCAGCTGAGCTCGGGAGTCTGAAGAACCTTATTAGCTTGGATCTGTATAACAACAACATTACTGGA
ctctaac putative branch site (score: 82)
tttttgaaaaattgtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aaatatgctttggtcatccttaatttccgatgctattttactgcaattgagcttgacattcatgttagtgctctaactagtttttgaaaaattgttacagAGAGCTGTACAAAAACAATATTCAGGGCACTATCCCAGCTGAGCTCGGGAGTCTGAAGAACCTTATTAGCTTGGATCTGTATAACAACAACATTACTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
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- - -tgctttg
- - - - - - - - - - - - - -cgatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - tactgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gagcttg
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