1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...ccatttgcctatatatacccctcccacacttggaaccttggatcatctcatctcacacacccaaaaaccttaatttgcttgattgcctcttgtactgcagTGTTGCTTCCTACACTGCCATTGCATATAAATTTTGCACTGCAAGATTAATTCAGTCTGAGAGAACGAGAGAGAACATCATGGGTGGCAAGCTGTTGCCT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g09700.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tctcatctcacacacccaaaaaccttaatttgcttgattgcctcttgtactgcagTGTTGCTTCCTACACTGCCATTGCATATAAATTTTGCACTGCAAGATTAATTCAGTCTGAGAGAACGAGAGAGAACATCATGGGTGGCAAGCTGTTGCCT
ttgcctctt CT-rich tract
aaaaaccttaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ccatttgcctatatatacccctcccacacttggaaccttggatcatctcatctcacacacccaaaaaccttaatttgcttgattgcctcttgtactgcagTGTTGCTTCCTACACTGCCATTGCATATAAATTTTGCACTGCAAGATTAATTCAGTCTGAGAGAACGAGAGAGAACATCATGGGTGGCAAGCTGTTGCCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
-catttgc
- - - - - - - - - - ctcccac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cccaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttgcttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcctct