Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atttttttctttcgtgagtttacaataaatcatcctagttcttgcttgtacaacactaaagtatgttttttccccagctataacgctaaaccctgtgcagGTTAATGATGGTTTCCCTTTCTCAATTGCAATGTCATGGAAACCAGACTCTCAGAATGGTGATAACCAACAGACTGTTGTATTCCCCAAGGGTAACCCAT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g08560.2
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33675158|gb|CF303397.1|CF303397
EST:     CGCTGGAGTGTGCTATCCTTAGTCCCACTTTTAAAGTGCGAGAGTTTCAG                         GTTAATGATGGTTTCCCTTTCTCAATTGCAATGTCATGGAAACCAGACTCT
genomic: CGCTGGAGTGTGCTATCCTTAGTCCCACTTTTAAAGTGCGAGAGTTTCAGgtatgtgccc ... ccctgtgcagGTTAATGATGGTTTCCCTTTCTCAATTGCAATGTCATGGAAACCAGACTCT
EST: gi|58657554|gb|CK046234.1|CK046234
EST:     CGCTGGAGTGTGCTATCCTTAGTCCCACTTTTAAAGTGCGAGAGTTTCAG                         GTTAATGATGGTTTCCCTTTCTCAATTGCAATGTCATGGAAACCAGACTCT
genomic: CGCTGGAGTGTGCTATCCTTAGTCCCACTTTTAAAGTGCGAGAGTTTCAGgtatgtgccc ... ccctgtgcagGTTAATGATGGTTTCCCTTTCTCAATTGCAATGTCATGGAAACCAGACTCT
EST: gi|58667650|gb|CK056336.1|CK056336
EST:     CGCTGGAGAGTGCTATCCTTAGTCCCACTTTTAAAGTGCGAGAGTTTCAG                         GTTAATGATGGTTTCCCTTTCTCAATTGCAATGTCATGGAAACCAGACTCT
genomic: CGCTGGAGTGTGCTATCCTTAGTCCCACTTTTAAAGTGCGAGAGTTTCAGgtatgtgccc ... ccctgtgcagGTTAATGATGGTTTCCCTTTCTCAATTGCAATGTCATGGAAACCAGACTCT
EST: gi|29619080|gb|CB624092.1|CB624092
EST:     CGCTGGAGTGTGCTATCCTTAGTCCCACTTTTAAAGTGCGAGAGTTTCAG                         GTTAATGATGGTTTCCCTTTCTCAATTGCAATGTCATGGAAACCAGACTCT
genomic: CGCTGGAGTGTGCTATCCTTAGTCCCACTTTTAAAGTGCGAGAGTTTCAGgtatgtgccc ... ccctgtgcagGTTAATGATGGTTTCCCTTTCTCAATTGCAATGTCATGGAAACCAGACTCT
EST: gi|58695736|gb|CK084423.1|CK084423
EST:     CGCTGGAGTGTGCTATCCTTAGTCCCACTTTTAAAGTGCGAGAGTTTCAG                         GTTAATGATGGTTTCCCTTTCTCAATTGCAATGTCATGGAAACCAGACTCT
genomic: CGCTGGAGTGTGCTATCCTTAGTCCCACTTTTAAAGTGCGAGAGTTTCAGgtatgtgccc ... ccctgtgcagGTTAATGATGGTTTCCCTTTCTCAATTGCAATGTCATGGAAACCAGACTCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgtacaacactaaagtatgttttttccccagctataacgctaaaccctgtgcagGTTAATGATGGTTTCCCTTTCTCAATTGCAATGTCATGGAAACCAGACTCTCAGAATGGTGATAACCAACAGACTGTTGTATTCCCCAAGGGTAACCCAT
           taaagtatgtttttt  TA-rich tract