Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtgggactacgttgcagattgattccttttaagtgcgatattttctgtttttatcattcccacgaaatctgtatacaaaaaaactgcatggtaggacatgcttatcaatctggaaccattgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGCTGCGCCCGGAGATCCAAGTTGCTGCTCAGAATTGTTGGGTGAAGAAGGG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g05490.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g05490.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G030784_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
gtatgtgggactacgttgcagattgattccttttaagtgcgatattttctgtttttatcattcccacgaaatctgtatacaaaaaaactgcatggtaggacatgcttatcaatctggaacc-attgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGCTGCGCCCGGAGATCCAAGTTGCTGCTCAGAATTGTTGGGTGAAGAAGGG
                                 |||    ||  ||| | | ||||   | |||  |   |    | ||| |||     | || ||| ||  |  ||| |||| ||| |   ||||   ||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||  ||| |||| |||||||||||||| || ||||||||||||||
-------------------------------actaaccttgaactttgcagattttcgaaatccatcctgagtaatttactaaag---cgtattgtatgatgtatttagcaatttggtattgattgcattgcagAGGTCGTTGTCAGCCCTCCTTATGTCTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGCCAGCTGCGCCAAGAGTTCCATGTTGCTGCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGG

upper sequence: LOC_Os01g05490.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G018177_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
gtatgtgggactacgttgcagattgattccttttaagtgcgatattttctgtttttatcattcccacgaaatctgtatacaaaaaaactgcatggtaggacatgcttatcaatctggaaccatt-gtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGCTGCGCCCGGAGATCCAAGTTGCTGCTCAGAATTGTTGGGTGAAGAAGGG
|||||    || |   |  | ||  ||   ||||| |   ||  ||     ||     ||||      |   |||   | |||   ||   || ||| ||  ||||||   |  || |||  || |   ||||||||| |||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
gtatggacaaccaaaatttacat-aatatgttttaggactgaccttgaacattgcatacatttgtgt-agtcctg---agaaatttacca-attgtatgatgtgcttaatgagttgtaactgtttgcattgcagAGGTCGTTGTCAGTCCTCCTTATGTGTTCCTCCCGGTGGTCAAGAGCCAGCTGCGCCAAGAGTTCCAAGTTGCTGCTCAGAACTGCTGGGTGAAGAAGGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|9884572|gb|BE607405.1|BE607405
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|88428457|gb|CI564925.1|CI564925
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|88329671|gb|CI650137.1|CI650137
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|33809280|gb|CF330521.1|CF330521
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|163920975|gb|EG710112.1|EG710112
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|33807203|gb|CF329482.1|CF329482
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|396941501|gb|HO188710.1|HO188710
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|55432246|gb|CV729143.1|CV729143
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATCGCTTCTACAGATGTCGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCGCCTTATGTGTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|14981165|gb|BI305843.1|BI305843
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTCGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCGCCTTATGTGTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|27577728|gb|CB000423.1|CB000423
EST:     TTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACCTATGTCGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCGCCTTATGTGTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: TTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|218483167|gb|FG943231.1|FG943231
EST:     ATTGTGAAAATTCTGAGAGGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: ATTGTGAAAATTCTGA-ATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|33685619|gb|CF313858.1|CF313858
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|88582134|gb|CI699369.1|CI699369
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|4715957|gb|AU057073.1|AU057073
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|11863261|gb|AU063171.2|AU063171
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|13420898|gb|AU174988.1|AU174988
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTAGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCGCCTTATGTGTTCCTTCCTGTNGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|58604231|gb|CK014759.1|CK014759
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCGTTCCCGTGGTCAAGAGTCAG
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCC-TTCCCGTGGTCAAGAGTCAG
EST: gi|12405253|gb|AU166854.1|AU166854
EST:     AATTGTGAAAATTNTGAATGAGGGACAGATTGCTTNTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAANAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|33687307|gb|CF315546.1|CF315546
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|88404380|gb|CI578257.1|CI578257
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|88586073|gb|CI703755.1|CI703755
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|27554111|gb|CA998011.1|CA998011
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTCGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCGCCTTATGTGTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|58686470|gb|CK075157.1|CK075157
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|38480889|gb|CF964978.1|CF964978
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|163929017|gb|EG709795.1|EG709795
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|88331636|gb|CI675981.1|CI675981
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|300215919|gb|HO088545.1|HO088545
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|58676943|gb|CK065630.1|CK065630
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|319908632|gb|HS977760.1|HS977760
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTCGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCGCCTTATGTGTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|300216330|gb|HO088115.1|HO088115
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|33663593|gb|CF294560.1|CF294560
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCANCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|13896023|gb|AU182359.1|AU182359
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAANAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|38473212|gb|CF957344.1|CF957344
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|88433333|gb|CI591773.1|CI591773
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGAAAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|163921200|gb|EG714125.1|EG714125
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|27576696|gb|CA999390.1|CA999390
EST:     GACAGATTGCTTCTACAGATGTCGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCGCCTTATGTGTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: GACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|88592661|gb|CI710780.1|CI710780
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|218498238|gb|FG970096.1|FG970096
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|13806459|gb|AU181529.1|AU181529
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAANAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|33691197|gb|CF319436.1|CF319436
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|27577196|gb|CA999890.1|CA999890
EST:     ACAGATTGCTTCTACAGATGTCGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCGCCTTATGTGTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: ACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|27554252|gb|CA998152.1|CA998152
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTCGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCGCCTTATGTGTTCCTTCCTGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|33662374|gb|CF293341.1|CF293341
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|58668510|gb|CK057196.1|CK057196
EST:     ACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: ACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|88372072|gb|CI641707.1|CI641707
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|33692821|gb|CF321060.1|CF321060
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTTCCGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|163927169|gb|EG715190.1|EG715190
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|88590954|gb|CI707857.1|CI707857
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
EST: gi|88338586|gb|CI645840.1|CI645840
EST:     AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTG                         AGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC
genomic: AATTGTGAAAATTCTGAATGAGGGACAGATTGCTTCTACAGATGTTGTTGgtatgtggga ... tgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

acaaaaaaactgcatggtaggacatgcttatcaatctggaaccattgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGCTGCGCCCGGAGATCCAAGTTGCTGCTCAGAATTGTTGGGTGAAGAAGGG
                           ttatcaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtgggactacgttgcagattgattccttttaagtgcgatattttctgtttttatcattcccacgaaatctgtatacaaaaaaactgcatggtaggacatgcttatcaatctggaaccattgtgctgcagAGGTGGTTGTCAGCCCACCTTATGTGTTCCTTCCCGTGGTCAAGAGTCAGCTGCGCCCGGAGATCCAAGTTGCTGCTCAGAATTGTTGGGTGAAGAAGGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAG