Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatagtttttaataatacaataattcagacatcaaaattttaatacgatttattgtttctggtgtgccctgaaaaataaatgtagAATTATACAACCTAGTTGGACAGCCTGATGTCTTCAGTAATGCTGAACTCAAGTTAGCTACAGACAATTTCAGTTCTCAAAACATTCTTGGGGAAGGTGG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os08g10310.2
intron # 19
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|569610|gb|D40459.1|D40459
EST:     AATATTTATGGTCATAAAGAAGAGAAGAAGAATGGCAAAACAGCAAGAAG                         AATTATACAACCTAGTTGGACAGCCTGATGTCTTCAGTAATGCTGAACTCA
genomic: AATATTTATGGTCATAAAGAAGAGAAGAAGAATGGCAAAACAGCAAGAAGgtaatagttt ... ataaatgtagAATTATACAACCTAGTTGGACAGCCTGATGTCTTCAGTAATGCTGAACTCA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcaaaattttaatacgatttattgtttctggtgtgccctgaaaaataaatgtagAATTATACAACCTAGTTGGACAGCCTGATGTCTTCAGTAATGCTGAACTCAAGTTAGCTACAGACAATTTCAGTTCTCAAAACATTCTTGGGGAAGGTGG
       ttttaat  putative branch site (score: 3)
     aattttaatacgattt  TA-rich tract