Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   		50  
 5'  3'   		51  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaattattaataattgtgtcaagtgaaatgcttatttcttctgtaggcaatgtgatatatatattatgattgaaacagGTTCAACAGCAAGTTATTGAGGTCAGCACATACATTGCTTCAACTGTAAACAGATTTCCAAAGCGATGTGTGGTTCTATGCCTTCTTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g60040.2
intron # 19
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g60040.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 19
lower sequence: GRMZM2G009849_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
----gtaattattaataa----ttgtgtcaagtgaaatgcttatttcttctgtaggcaatgtgatatatatattatgattgaaacagGTTCAACAGCAAGTTATTGAGGTCAGCACATACATTGCTTCAACTGTAAACAGATTTCCAAAGCGATGTGTGGTTCTATGCCTTCTTG
     || |  ||  |||    || |||  ||| ||||     |||  | || |   ||||          ||| | | |||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||| ||  | || || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
gttcttactgtttggtaaccttttttgttgagtaaaatatccctttgctatggaactaatgc--------cattttaaatgaaacagGTACAACAACAAGTTATAGAGGTCATCACCTATGTCGCCTCGACTGTAAACAAATTTCCAAAGCGATGTGTGGTTCTATGCCTTCTTG

upper sequence: LOC_Os01g60040.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 19
lower sequence: GRMZM2G068755_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 19
------------gtaattattaataattgtgtcaagtgaaatgcttatttcttctgtaggcaatgtgatatatatattatgattgaaacagGTTCAACAGCAAGTTATTGAGGTCAGCACATACATTGCTTCAACTGTAAACAGATTTCCAAAGCGATGTGTGGTTCTATGCCTTCTTG
             |  | | || |  || |||  |||| |||  |  |||  | || | | ||||          ||| | |||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| || ||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||
gttcttactgttttggtaactatttgttttgttgagtggaattttcctttgctatggaagtaatgc--------cattttaattgaaacagGTACAACAGCAAGTTATAGAGGTCAACACCTATATTGCCTCGACTGTAAACAAATTTCCAAAGCGATGTGTGGTTTTATGCCTTCTTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|2309795|gb|C25950.1|C25950
EST:     TGGTTCGTTTATNATGTGCTGTGCCTGGATGGAGTGAAAAGAATGTGCAG                         GTTCAACAGCAAGTTATTGAGGTCAGCACATACATTGCTTCAACTGTAAAC
genomic: TGGTTCGTTTATTATGTGCTGTGCCTGGATGGAGTGAAAAGAATGTGCAGgtaattatta ... attgaaacagGTTCAACAGCAAGTTATTGAGGTCAGCACATACATTGCTTCAACTGTAAAC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgaaatgcttatttcttctgtaggcaatgtgatatatatattatgattgaaacagGTTCAACAGCAAGTTATTGAGGTCAGCACATACATTGCTTCAACTGTAAACAGATTTCCAAAGCGATGTGTGGTTCTATGCCTTCTTG
                         aatgtgatatatatat  TA-rich tract