Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtccattgttatggtttcatattatatgcacaatagaataatccactgtggtgtttatgtaatgtgcatagtccaggcttgatggatattaatttagtctcattatttcatattatatagGTTCTCACAACTTGCAGCACGTATGGAGCAGTATATAAATGGATCCAGGGATCTAGTTGATCAGGCCTATACAAAAATT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os11g17600.3
intron # 18
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os11g17600.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 18
lower sequence: GRMZM2G060949_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
gtccattgttatggtttcatattatatgcacaatagaataatccactgtgg--tgtttatgtaatgtgcatagtccaggcttgatggatattaatttagtctcattatttcatattatatagGTTCTCACAACTTGCAGCACGTATGGAGCAGTATATAAATGGATCCAGGGATCTAGTTGATCAGGCCTATACAAAAATT
             || |  ||||||     |||||||   | |  || | |  | | ||||   | | ||||  | | | ||     || | ||| |  ||  ||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||
-------------gtctgttattatggcttcaatagatatacctgctataggttctctatggggtatacataa-ctatgttt-----atctgaatgtgttcatattcttttctattatatagGTTCTCACAACTTGCAGCACGTATGGAGCAGTATATCAATGGATCCAGGGATCTAGTTGACCAGGCATATACTAAAATT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcatagtccaggcttgatggatattaatttagtctcattatttcatattatatagGTTCTCACAACTTGCAGCACGTATGGAGCAGTATATAAATGGATCCAGGGATCTAGTTGATCAGGCCTATACAAAAATT
                     tattaat  putative branch site (score: 2)
                    atattaatttagtctc  TA-rich tract