1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
21 5' 3' |
gtaagattataatatattcaattaaaaaagactaacctatagtccttctgatgctcccagttcctttaacatgctttgatacgctgctacttcttattttcatcagtttgtgctgaactaaacaatatgtgtttttatgcatgcagTGTTGCTTGGTGCCTTGAACGACCGCCTGCTGCTTGTAAATCCAACAGATATAAATCCAAGACAGAAAAAGGGAGTGGAAATAAGAAGCTGTCTAATAGG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os09g24260.1 |
intron # | 18 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGGGACAACAAAGTTCGATCTATCCTTTCTACTAGCTTCCCTCGTTCTG TGTTGCTTGGTGCCTTGAACGACCGCCTGCTGCTTGTAAATCCAACAGATAEST: gi|58690303|gb|CK078990.1|CK078990
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genomic: ATGGGACAACAAAGTTCGATCTATCCTTTCTACTAGCTTCCCTCGTTCTGgtaagattat ... atgcatgcagTGTTGCTTGGTGCCTTGAACGACCGCCTGCTGCTTGTAAATCCAACA
EST: ATGGGACAACAAAGTTCGATCTATCCTTTCTACTAGCTTCCCTCGTTCTG TGTTGCTTGGTGCCTTGAAC
genomic: ATGGGACAACAAAGTTCGATCTATCCTTTCTACTAGCTTCCCTCGTTCTGgtaagattat ... atgcatgcagTGTTGCTTGGTGCCTTGAAC
tcttattttcatcagtttgtgctgaactaaacaatatgtgtttttatgcatgcagTGTTGCTTGGTGCCTTGAACGACCGCCTGCTGCTTGTAAATCCAACAGATATAAATCCAAGACAGAAAAAGGGAGTGGAAATAAGAAGCTGTCTAATAGG
aactaaa putative branch site (score: 36)
tttttat putative PPT
aatatgtgtttttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagattataatatattcaattaaaaaagactaacctatagtccttctgatgctcccagttcctttaacatgctttgatacgctgctacttcttattttcatcagtttgtgctgaactaaacaatatgtgtttttatgcatgcagTGTTGCTTGGTGCCTTGAACGACCGCCTGCTGCTTGTAAATCCAACAGATATAAATCCAAGACAGAAAAAGGGAGTGGAAATAAGAAGCTGTCTAATAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
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