Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaactggaacattacagccttctaaagtttttattcagggatctagatgtaatctttttatctctttctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGTGAGATCGGTGCCTTGATTGAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os07g47290.1
intron # 18
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os07g47290.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 16
lower sequence: GRMZM2G005493_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 18
----------------------gtaactg--gaacattacagccttctaaagtttttattcagggatctagatgtaatctttttatctctttctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGTGAGATCGGTGCCTTGATTGAG
                        | |||  | || ||   || | ||   |||||| ||   |  |  || || ||  ||| |     | | || ||||||||||||||||| ||||  || || |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||
gtaataaccgagaacaatcatgagacctgccgtactttttcgcatgcttt-gtttttttttgtgtgtaaagctggaagttttgt-----tctgtgatgttagGATGGTTCCCTAGATGCTCTCGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGTGAGATTGGTGCCTTGATCGAG

upper sequence: LOC_Os07g47290.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 16
lower sequence: GRMZM2G081682_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 18
gtaactggaa---cattacagccttctaaagttttt--attcagggatctagatg-taatctttttatctctttctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGTGAGATCGGTGCCTTGATTGAG
||||||||||   |||||   ||  || || ||||   || ||| | | |  |   |    ||||| |   | | || ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||
gtaactggaaacacattaagacccactgaacttttcccatgcagaggtttttaaactggaatttttgt---tctgtgatgttagGATGGTTCCCTAGATGATCTTGTCCGCAAGCGGTACCAGAGCTTTGATAGTGAGATTGGTGCCTTGATCGAG

upper sequence: LOC_Os07g47290.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 16
lower sequence: GLYMA17G07380.1 (Glycine max), 3'ss of exon 18
-----------------------------------------gtaactggaacattacagccttctaaag--ttttta----ttca-gggatctagatgtaatctttttatctctttctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGTGAGATCGGTGCCTTGATTGAG
                                          ||| |   |  |   | |    | ||   ||||||    |||| | ||   |  |  ||  || | ||     |    ||  |||||||||| || | |||||||||||| ||||| || ||||||||||| | ||| || || ||    || |||
gtgatacactggaccctccctttacatctatttgtattctcataattcagatgtgtaaactcaatgaatgctttttagcctttcatgagagtcaactaaaagtttctcattatgctggattga-agGATGGTTCTCTTGCTGAGCTTGTTCGTAAGCGTTATCAGAGTTTTGACACTGAAATTGGGGCTCAAATAGAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86854458|gb|CI256580.1|CI256580
EST:     GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAG                         GATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAGgtaactggaa ... ctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
EST: gi|33654092|gb|CF276706.1|CF276706
EST:     GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAG                         GATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAGgtaactggaa ... ctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
EST: gi|88985909|gb|CI033238.1|CI033238
EST:     GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAG                         GATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAGgtaactggaa ... ctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
EST: gi|29667757|gb|CB664032.1|CB664032
EST:     GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAG                         GATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAGgtaactggaa ... ctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
EST: gi|29625367|gb|CB630378.1|CB630378
EST:     GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAG                         GATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAGgtaactggaa ... ctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
EST: gi|89184253|gb|CI046818.1|CI046818
EST:     GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAG                         GATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAGgtaactggaa ... ctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
EST: gi|38476165|gb|CF960298.1|CF960298
EST:     GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAG                         GATGGTTCCCTGNGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAG
genomic: GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAGgtaactggaa ... ctgctgttagGATGGTTCCCTG-GATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAG
EST: gi|29642115|gb|CB647122.1|CB647122
EST:     GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAG                         GATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAGgtaactggaa ... ctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
EST: gi|88974071|gb|CI002733.1|CI002733
EST:     GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAG                         GATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAGgtaactggaa ... ctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
EST: gi|89179716|gb|CI043995.1|CI043995
EST:     GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAG                         GATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAGgtaactggaa ... ctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
EST: gi|88828748|gb|CI073618.1|CI073618
EST:     GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAG                         GATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAGgtaactggaa ... ctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
EST: gi|29643120|gb|CB648127.1|CB648127
EST:     GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAG                         GATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAGgtaactggaa ... ctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
EST: gi|44676968|gb|CR290402.1|CR290402
EST:     GAATGGACACCTTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAG                         GATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAGgtaactggaa ... ctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
EST: gi|29688080|gb|CB684355.1|CB684355
EST:     GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAG                         GATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAGgtaactggaa ... ctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
EST: gi|58031342|gb|CX728885.1|CX728885
EST:     GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAG                         GATGGTTCCCTGGAGGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAGgtaactggaa ... ctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
EST: gi|88514668|gb|CI442174.1|CI442174
EST:     AAGCTGATCGAG                         GATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
genomic: AAGCTGATCGAGgtaactggaa ... ctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
EST: gi|29661148|gb|CB657423.1|CB657423
EST:     GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAG                         GATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAGgtaactggaa ... ctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
EST: gi|163927225|gb|EG710263.1|EG710263
EST:     GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAG                         GATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAGgtaactggaa ... ctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
EST: gi|88506732|gb|CI434238.1|CI434238
EST:     CCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAG                         GATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
genomic: CCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAGgtaactggaa ... ctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
EST: gi|218483389|gb|FG947207.1|FG947207
EST:     GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAG                         GATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAGgtaactggaa ... ctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
EST: gi|29657675|gb|CB653950.1|CB653950
EST:     GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAG                         GATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAGgtaactggaa ... ctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
EST: gi|58031266|gb|CX728809.1|CX728809
EST:     GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAG                         GATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAGgtaactggaa ... ctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
EST: gi|89194258|gb|CI116695.1|CI116695
EST:     GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAG                         GATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAGgtaactggaa ... ctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
EST: gi|88537783|gb|CI466758.1|CI466758
EST:     AATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTTTCAAGCTGATCGAG                         GATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
genomic: AATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAGgtaactggaa ... ctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
EST: gi|89172814|gb|CI022693.1|CI022693
EST:     GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAG                         GATGGTTCCNTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAGgtaactggaa ... ctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
EST: gi|88840977|gb|CI000939.1|CI000939
EST:     GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAG                         GATGGTTCTCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAGgtaactggaa ... ctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
EST: gi|5004160|gb|AU069309.1|AU069309
EST:     GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAG                         GATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAGgtaactggaa ... ctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
EST: gi|88475673|gb|CI412944.1|CI412944
EST:     AGCTGATCGAG                         GATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
genomic: AGCTGATCGAGgtaactggaa ... ctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
EST: gi|29665147|gb|CB661422.1|CB661422
EST:     GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAG                         GATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAGgtaactggaa ... ctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
EST: gi|88995441|gb|CI022764.1|CI022764
EST:     GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAG                         GATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAGgtaactggaa ... ctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
EST: gi|29620969|gb|CB625980.1|CB625980
EST:     GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAG                         GATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAGgtaactggaa ... ctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
EST: gi|29688817|gb|CB685092.1|CB685092
EST:     GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAG                         GATGGTTCCCTGGAGGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAGgtaactggaa ... ctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
EST: gi|29644690|gb|CB649697.1|CB649697
EST:     GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAG                         GATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAGgtaactggaa ... ctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
EST: gi|29637954|gb|CB642963.1|CB642963
EST:     GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAG                         GATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
genomic: GAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAGgtaactggaa ... ctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
EST: gi|313080767|gb|HO213564.1|HO213564
EST:     CCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAG                         GATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
genomic: CCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAGgtaactggaa ... ctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
EST: gi|88504210|gb|CI431716.1|CI431716
EST:     GGACACCCTAGCCCNCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAG                         GATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT
genomic: GGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAGgtaactggaa ... ctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 72 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 56

GAGGAGGGAGAGTACTGATGTTGAGGACATGTTTCTGGCTCATATATCGGGAATGGACACCCTAGCCCGCGGCCTTCGGAATGTTGTCAAGCTGATCGAGgtaactggaa ... ctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGTGAGATCGGTGCCTTGATTGAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taaagtttttattcagggatctagatgtaatctttttatctctttctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGTGAGATCGGTGCCTTGATTGAG
 ttctaaa  putative branch site (score: 56)
                              tctttttatctctttc  putative PPT
                        atgtaatctttttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaactggaacattacagccttctaaagtttttattcagggatctagatgtaatctttttatctctttctgctgttagGATGGTTCCCTGGATGAGCTTGTTCGCAAGCGCTACCAGAGTTTTGATAGTGAGATCGGTGCCTTGATTGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGATC