Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatggaatcaatcgtctctgttgcagtatctcatcttgccttttgtatggcaattcaccccgtttatgttagatatacatttatatgttgcttttggatcgtatagaaggttaaaaagtgacgtgttttccttggtgatttttatgattaattttgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTACACCCATAAGAGTCTTCCTTTGCAATGAGGCAA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g38150.2
intron # 18
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os05g38150.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 18
lower sequence: GRMZM2G061777_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
gtatggaatcaatcgtctctgttgcagtatctcatcttgccttttgtatggcaattcaccccgtttatgttagatatacatttatatgttgcttttggatcgtatagaaggttaa--aaagtgacgtgttttccttggtgatttttatgattaattttgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTACACCCATAAGAGTCTTCCTTTGCAATGAGGCAA
                                                              ||  |  |  | ||   || | | |  | ||  ||     | | ||| ||| |    | |   || | ||  | | |||   |  |||  || ||| |  |  |||||| |||||||| | |||||||||||||| |||||||| ||| |||  |||||||||||||  ||||| |||| |||||    
--------------------------------------------------------------gtacac-tctggtagggatctgtttaattctcctg--ctattttgaatgtttactgcaatactgtatatttatggatgaacat--tgaaaaaatttaacctatagGATCATGCGAGGGAGCGGGCAAGTGGTGAACGGTGACAATGATATCGCATACACCCATAAGAACCTTCCATTGCCATGAG----

upper sequence: LOC_Os05g38150.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 18
lower sequence: GRMZM2G375504_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 18
gtatggaatcaatcgtctctgttgcagtatctcatcttgccttttgtatggcaattcaccccgtttatgttagatatacatttatatgttgcttttggatcg--tatagaaggttaaaaagtgacgtgttttccttggtgatttttatgattaattttgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTACACCCATAAGAGTCTTCCTTTGCAATGAGGCAA
                                                                   |   || |    | || | || |  || | ||  |  ||||   | |   | | |   || | ||  | | | || |  ||||  || ||| |  |  |||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||| |  |||||||||||||  ||||| || |||||||    
------------------------------------------------------------------gtagaagtttgctaattctctgctatttctagactggttatactggttactacaatattgtatatttatggat-atatggatgaacaactttaacctatagGATCATGCGAGGAAGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGAATGTTGCATACACCCATAAGAACCTTCCCTTACAATGAG----

upper sequence: LOC_Os05g38150.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 18
lower sequence: GRMZM2G375504_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 18
gtatggaatcaatcgtctctgttgcagtatctcatcttgccttttgtatggcaattcaccccgtttatgttagatatacatttatatgttgcttttggatcg--tatagaaggttaaaaagtgacgtgttttccttggtgatttttatgattaattttgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTACACCCATAAGAGTCTTCCTTTGCAATGAGGCAA
                                                                   |   || |    | || | || |  || | ||  |  ||||   | |   | | |   || | ||  | | | || |  ||||  || ||| |  |  |||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||| |  |||||||||||||  ||||| || |||||||||||
------------------------------------------------------------------gtagaagtttgctaattctctgctatttctagactggttatactggttactacaatattgtatatttatggat-atatggatgaacaactttaacctatagGATCATGCGAGGAAGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGAATGTTGCATACACCCATAAGAACCTTCCCTTACAATGAGGCAA

upper sequence: LOC_Os05g38150.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 18
lower sequence: GRMZM2G061777_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
gtatggaatcaatcgtctctgttgcagtatctcatcttgccttttgtatggcaattcaccccgtttatgttagatatacatttatatgttgcttttggatcgtatagaaggttaaaaagtgacgtgttttccttggtgatttttatgattaattttgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTACACCCATAAGAGTCTTCCTTTGCAATGAGGCAA
                                                                                                                     | |   || | ||  | | |||   |  |||  || ||| |  |  |||||| |||||||| | |||||||||||||| |||||||| ||| |||  |||||||||||||  ||||| |||| |||||    
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------ctgcaatactgtatatttatggatgaacat--tgaaaaaatttaacctataggatcatgcgagggagcgggcaagtggtgaacggtgacaatgatatcgcatACACCCATAAGAACCTTCCATTGCCATGAG----

upper sequence: LOC_Os05g38150.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 18
lower sequence: GRMZM2G061777_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 2
gtatggaatcaatcgtctctgttgcagtatctcatcttgccttttgtatggcaattcaccccgtttatgttagatatacatttatatgttgcttttggatcgtatagaaggttaa--aaagtgacgtgttttccttggtgatttttatgattaattttgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTACACCCATAAGAGTCTTCCTTTGCAATGAGGCAA
                                                              ||  |  |  | ||   || | | |  | ||  ||     | | ||| ||| |    | |   || | ||  | | |||   |  |||  || ||| |  |  |||||| |||||||| | |||||||||||||| |||||||| ||| |||  |||||||||||||  ||||| |||| ||||     
--------------------------------------------------------------gtacac-tctggtagggatctgtttaattctcctg--ctattttgaatgtttactgcaatactgtatatttatggatgaacat--tgaaaaaatttaacctatagGATCATGCGAGGGAGCGGGCAAGTGGTGAACGGTGACAATGATATCGCATACACCCATAAGAACCTTCCATTGCCATGA-----

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86851167|gb|CI312568.1|CI312568
EST:     ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATG                         GATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
genomic: ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATGgtatggaatc ... tgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
EST: gi|86600986|gb|CI356743.1|CI356743
EST:     TGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATG                         GATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
genomic: TGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATGgtatggaatc ... tgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
EST: gi|88261913|gb|CI365489.1|CI365489
EST:     TCCATGGCCCGT-GACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATG                         GATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
genomic: TCCAT-GCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATGgtatggaatc ... tgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
EST: gi|89187311|gb|CI047378.1|CI047378
EST:     ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATG                         GATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
genomic: ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATGgtatggaatc ... tgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
EST: gi|86431434|gb|CI085045.1|CI085045
EST:     ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATG                         GATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
genomic: ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATGgtatggaatc ... tgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
EST: gi|88843208|gb|CI372108.1|CI372108
EST:     ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTNTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATG                         GATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
genomic: ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATGgtatggaatc ... tgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
EST: gi|86892380|gb|CI332315.1|CI332315
EST:     ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTGAACTACACGATG                         GATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
genomic: ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATGgtatggaatc ... tgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
EST: gi|88270030|gb|CI381328.1|CI381328
EST:     TAACTACACGATG                         GATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
genomic: TAACTACACGATGgtatggaatc ... tgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
EST: gi|86872937|gb|CI326934.1|CI326934
EST:     GTGGGTGTTGAAGGTCTC-TAACTACACGATG                         GATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
genomic: GTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATGgtatggaatc ... tgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
EST: gi|66915778|gb|CX102626.1|CX102626
EST:     ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATG                         GATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
genomic: ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATGgtatggaatc ... tgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
EST: gi|86843774|gb|CI336595.1|CI336595
EST:     ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATG                         GATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
genomic: ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATGgtatggaatc ... tgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
EST: gi|88253457|gb|CI352083.1|CI352083
EST:     TGCCCGTGGACCAATGGCTCTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATG                         GATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGATGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
genomic: TGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATGgtatggaatc ... tgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
EST: gi|88253863|gb|CI352489.1|CI352489
EST:     ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATG                         GATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
genomic: ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATGgtatggaatc ... tgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
EST: gi|88485232|gb|CI422503.1|CI422503
EST:     ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATG                         GATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
genomic: ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATGgtatggaatc ... tgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
EST: gi|25798187|gb|CA754084.1|CA754084
EST:     ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATG                         GATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
genomic: ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATGgtatggaatc ... tgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
EST: gi|88262625|gb|CI366399.1|CI366399
EST:     ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATG                         GATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
genomic: ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATGgtatggaatc ... tgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
EST: gi|88274920|gb|CI388378.1|CI388378
EST:     ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATG                         GATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
genomic: ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATGgtatggaatc ... tgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
EST: gi|163917821|gb|EG712147.1|EG712147
EST:     ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATG                         GATCTTGCGAGGGCGTGG
genomic: ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATGgtatggaatc ... tgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGG
EST: gi|86841880|gb|CI337513.1|CI337513
EST:     TGAAGGTCTCTTAACTACACGATG                         GATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATTTCGTGTA
genomic: TGAAGGTCTCTTAACTACACGATGgtatggaatc ... tgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
EST: gi|86887353|gb|CI313256.1|CI313256
EST:     ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAA-GTCTCTTAACTACACGATG                         GATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
genomic: ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATGgtatggaatc ... tgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
EST: gi|86868617|gb|CI332994.1|CI332994
EST:     CCATGCCCGTGGACCACTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATG                         GATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
genomic: CCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATGgtatggaatc ... tgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
EST: gi|89178281|gb|CI391460.1|CI391460
EST:     ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATG                         GATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
genomic: ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATGgtatggaatc ... tgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
EST: gi|87029670|gb|CI257465.1|CI257465
EST:     ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATG                         GATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
genomic: ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATGgtatggaatc ... tgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
EST: gi|88272298|gb|CI386752.1|CI386752
EST:     ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATG                         GATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
genomic: ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATGgtatggaatc ... tgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
EST: gi|86844715|gb|CI338654.1|CI338654
EST:     ATCCATGCCCGTGGACCAGT-GGTGTTGAA-GTCTCTTAACTACACGATG                         GATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
genomic: ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATGgtatggaatc ... tgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
EST: gi|89193653|gb|CI116286.1|CI116286
EST:     ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTGAACTACACGATG                         GATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
genomic: ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATGgtatggaatc ... tgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
EST: gi|86846262|gb|CI339853.1|CI339853
EST:     CCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTC-TAACTACACGATG                         GATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACCAAGGATGTCGTGT
genomic: CCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATGgtatggaatc ... tgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGA-CAAGGATGTCGTGT
EST: gi|88977866|gb|CI384348.1|CI384348
EST:     ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATG                         GATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTTTA
genomic: ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATGgtatggaatc ... tgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
EST: gi|88262188|gb|CI365764.1|CI365764
EST:     ATCCATGCCCGTGGACCAATGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATG                         GATCTTGCGA-GGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
genomic: ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATGgtatggaatc ... tgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
EST: gi|88262529|gb|CI366303.1|CI366303
EST:     AGCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATG                         GATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
genomic: ATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATGgtatggaatc ... tgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
EST: gi|86833055|gb|CI333654.1|CI333654
EST:     AGGTCTCTTAACTACACGATG                         GATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAATGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
genomic: AGGTCTCTTAACTACACGATGgtatggaatc ... tgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
EST: gi|89196048|gb|CI395466.1|CI395466
EST:     CGTGGACCACGTGGGTGTTGAAGGTCTCTGAACTACACGATG                         GATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGAC-AGGATGTCGTGTA
genomic: CGTGGACCA-GTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATGgtatggaatc ... tgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
EST: gi|88252559|gb|CI350987.1|CI350987
EST:     TTAACTACACGATG                         GATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA
genomic: TTAACTACACGATGgtatggaatc ... tgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 71 (downstream exon)
Score: 50

GTTGGCATAAGCACAGGGCGTATCCATGCCCGTGGACCAGTGGGTGTTGAAGGTCTCTTAACTACACGATGgtatggaatc ... tgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTACACCCATAAGAGTCTTCCTTTGCAATGAGGCAA




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttaaaaagtgacgtgttttccttggtgatttttatgattaattttgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTACACCCATAAGAGTCTTCCTTTGCAATGAGGCAA
                          tgatttttatgattaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatggaatcaatcgtctctgttgcagtatctcatcttgccttttgtatggcaattcaccccgtttatgttagatatacatttatatgttgcttttggatcgtatagaaggttaaaaagtgacgtgttttccttggtgatttttatgattaattttgatatgcagGATCTTGCGAGGGCGTGGGCAAGTGGTGAATGGTGACAAGGATGTCGTGTACACCCATAAGAGTCTTCCTTTGCAATGAGGCAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG