1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' |
gtgtgtttcccccatactttagtacctgcttattttctttttttatgtgtcatggatgattgtttgacctctacctaaagcactatgtcactacatcttttttagATGATAGCTGTCGACAAGTCCTCAGAGCCTGATGCTACAGCTGCCCTTAATAAACTTAAACAAACAATTCAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g25140.1 |
intron # | 18 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCTACATGTTATTGGGGGACTTTGATGATGCAAAGAAGGATTTTGAGAAG ATGATAGCTGTCGACAAGTCCTCAGAGCCTGATGCTACAGCTGCCCTTAATEST: gi|58591586|gb|CF989894.1|CF989894
genomic: CCTACATGTTATTGGGGGACTTTGATGATGCAAAGAAGGATTTTGAGAAGgtgtgtttcc ... tcttttttagATGATAGCTGTCGACAAGTCCTCAGAGCCTGATGCTACAGCTGCCCTTAAT
EST: CCTACATGTTATTGGGGGACTTTGATGATGCAAAGAAGGATTTTGAGAAG ATGATAGCTGTCGACAAGTCCTCAGAGCCTGATGCTACAGCTGCCCTTAATEST: gi|86851303|gb|CI312704.1|CI312704
genomic: CCTACATGTTATTGGGGGACTTTGATGATGCAAAGAAGGATTTTGAGAAGgtgtgtttcc ... tcttttttagATGATAGCTGTCGACAAGTCCTCAGAGCCTGATGCTACAGCTGCCCTTAAT
EST: GTTATTGGGGGACTTTGATGATGCAAAGAAGGATTTTGAGAAG ATGATAGCTGTCGACAAGTCCTCAGAGCCTGATGCTACAGCTGCCCTTAATEST: gi|3760751|gb|C98005.1|C98005
genomic: GTTATTGGGGGACTTTGATGATGCAAAGAAGGATTTTGAGAAGgtgtgtttcc ... tcttttttagATGATAGCTGTCGACAAGTCCTCAGAGCCTGATGCTACAGCTGCCCTTAAT
EST: CTACATGTTATTGGGGGACTTTGATGATGCAAAAGAAGGTTTTTGAG-AG ATGATAGCTGTCGACNAAGTCCTCAGAGCCTGATGCTACAGCTGCCCTTAAEST: gi|87012714|gb|CI295158.1|CI295158
genomic: CTACATGTTATTGGGGGACTTTGATGATGC-AAAGAAGGATTTTGAGAAGgtgtgtttcc ... tcttttttagATGATAGCTGTCGAC-AAGTCCTCAGAGCCTGATGCTACAGCTGCCCTTAA
EST: CCTACATGTTATTGGGGGACTTTGATGATGCAAAGAAGGATTTTGAGAAG ATGATAGCTGTCGACAAGTCCTCAGAGCCTGATGCTACAGCTGCCCTTAATEST: gi|3760752|gb|C98006.1|C98006
genomic: CCTACATGTTATTGGGGGACTTTGATGATGCAAAGAAGGATTTTGAGAAGgtgtgtttcc ... tcttttttagATGATAGCTGTCGACAAGTCCTCAGAGCCTGATGCTACAGCTGCCCTTAAT
EST: CTTACATGTTATTGGGGNACTTTGATGATGCAAAG-AGGATTTTGAGAA- ATGATAGCTNTCGACAAGTCCTCAGA-CNTGATGCTACAGNTGCCCTTAATEST: gi|58586358|gb|CF984666.1|CF984666
genomic: CCTACATGTTATTGGGGGACTTTGATGATGCAAAGAAGGATTTTGAGAAGgtgtgtttcc ... tcttttttagATGATAGCTGTCGACAAGTCCTCAGAGCCTGATGCTACAGCTGCCCTTAAT
EST: CCTACATGTTATTGGGGGACTTTGATGATGCAAAGAAGGATTTTGAGAAG ATGATAGCTGTCGACAAGTCCTCAGAGCCTGATGCTACAGCTGCCCTTAAT
genomic: CCTACATGTTATTGGGGGACTTTGATGATGCAAAGAAGGATTTTGAGAAGgtgtgtttcc ... tcttttttagATGATAGCTGTCGACAAGTCCTCAGAGCCTGATGCTACAGCTGCCCTTAAT
catggatgattgtttgacctctacctaaagcactatgtcactacatcttttttagATGATAGCTGTCGACAAGTCCTCAGAGCCTGATGCTACAGCTGCCCTTAATAAACTTAAACAAACAATTCAG
acctaaa putative branch site (score: 24)
catctttttt putative PPT
atctttttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgtgtttcccccatactttagtacctgcttattttctttttttatgtgtcatggatgattgtttgacctctacctaaagcactatgtcactacatcttttttagATGATAGCTGTCGACAAGTCCTCAGAGCCTGATGCTACAGCTGCCCTTAATAAACTTAAACAAACAATTCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC