Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagaggagttcatgggacttaatcaatggcttttgggctgcataattaagttgtgtaccgtgctgcttgttttgtgtagTGCTGCCTATGCGATGAAGCCAAAAGAGTTCATTGCTCGAACATACTCCCCGAACAGCACAAGCACAGAAAGTCCTGAGGAAATCAAGGCCAAAATCAAC

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g59624.3
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|2800937|gb|AA754231.1|AA754231
EST:     ATGGCCAAGCACTACTACAAGGGAGCCTCATCTGACTATGTTGCCAATGG                         TGCTGCCTATGCGATGAAGCCAAAAGAGTTCATTGCTCGAACATACTCCC-
genomic: ATGGCCAAGCACTACTACAAGGGAGCCTCATCTGACTATGTTGCCAATGGgtaagaggag ... ttttgtgtagTGCTGCCTATGCGATGAAGCCAAAAGAGTTCATTGCTCGAACATACTCCCC
EST: gi|86592938|gb|CI270495.1|CI270495
EST:     ATGGCCAAGCACTACTACAAGGGAGCCTCATCTGACTATGTTGCCAATGG                         TGCTGCCTATGCGATGAAGCCAAAAGAGTTCATTGCTCGAACATACTCCCC
genomic: ATGGCCAAGCACTACTACAAGGGAGCCTCATCTGACTATGTTGCCAATGGgtaagaggag ... ttttgtgtagTGCTGCCTATGCGATGAAGCCAAAAGAGTTCATTGCTCGAACATACTCCCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatggcttttgggctgcataattaagttgtgtaccgtgctgcttgttttgtgtagTGCTGCCTATGCGATGAAGCCAAAAGAGTTCATTGCTCGAACATACTCCCCGAACAGCACAAGCACAGAAAGTCCTGAGGAAATCAAGGCCAAAATCAAC
                                         cttgtttt  CT-rich tract
                 ataattaagtt  TA-rich tract