Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttaattttactgtcttcaaagtgcagcatatgtttgttttgctttcagagaaatattgatctggcacgttgcaacacgtatccatttgttgctgttacctttggtgtctaacaggtgatgtatgctgtttctgtgtgcagcagTCGTCGAGCTATGCCAATGGCCAAGCACTACTACAAGGGAGCCTCATCTGACTATGTTGCCAATGG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g59624.2
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|2799889|gb|AA752878.1|AA752878
EST:     TCTAAGACAGCAATCTTACCTACACTGAATGATAATGATGGTTTGGACAG                         TCGTCGAGCTATGCCAATGGCCAAGCACTACTACAAGGGAGCCTCATCTGA
genomic: TCTAAGACAGCAATCTTACCTACACTGAATGATAATGATGGTTTGGACAGgttaatttta ... tgtgcagcagTCGTCGAGCTATGCCAATGGCCAAGCACTACTACAAGGGAGCCTCATCTGA
EST: gi|86592938|gb|CI270495.1|CI270495
EST:     TCTAAGACAGCAATCTTACCTACACTGAATGATAATGATGGTTTGGACAG                         TCGTCGAGCTATGCCAATGGCCAAGCACTACTACAAGGGAGCCTCATCTGA
genomic: TCTAAGACAGCAATCTTACCTACACTGAATGATAATGATGGTTTGGACAGgttaatttta ... tgtgcagcagTCGTCGAGCTATGCCAATGGCCAAGCACTACTACAAGGGAGCCTCATCTGA
EST: gi|2800937|gb|AA754231.1|AA754231
EST:     TCTAAGACAGCAATCTTACCTACACTGAATGATAATGATGGTTTGGACAG                         TCGTCGAGCTATGCCAATGGCCAAGCACTACTACAAGGGAGCCTCATCTGA
genomic: TCTAAGACAGCAATCTTACCTACACTGAATGATAATGATGGTTTGGACAGgttaatttta ... tgtgcagcagTCGTCGAGCTATGCCAATGGCCAAGCACTACTACAAGGGAGCCTCATCTGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgctgttacctttggtgtctaacaggtgatgtatgctgtttctgtgtgcagcagTCGTCGAGCTATGCCAATGGCCAAGCACTACTACAAGGGAGCCTCATCTGACTATGTTGCCAATGG
                 gtctaac  putative branch site (score: 2)
                                       tttctgt  putative PPT