Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgcaaagcattttgatgaatatctctcttgtttgttcttttctattaacaagcaattatgtctctttgtttgtctgattccttttgtgtgttgattccttctacttataactaactacttttaatatgctgcgcagGCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAACTTGCCAACTCTGATAAAGATTTATTCCCACTGCTCGAATGCTTTACAT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g59494.4
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os04g59494.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 17
lower sequence: GRMZM2G376731_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 17
gtgcaaagcattttgatgaatatctctcttgtttgttcttttctattaacaagcaattatgtctctttgtttgtctgattccttttgtgtgttgattccttcta---------cttataacta-acta---cttttaatatgctgcgcagGCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAACTTGCCAACTCTGATAAAGATTTATTCCCACTGCTCGAATGCTTTACAT
|||| || ||| || |  |||   || ||  ||| ||  | | |  |   || | ||| ||  |||||    ||       | || |||   ||||  ||| ||         ||| | |  | ||||   ||| |||  ||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||  | ||||| || |||||||||||| |||| ||||| |||||| |||| ||||| || |||||||||||||
gtgctaa-catcttcacaaatccttcactgttttttttgtatatcatgcaaaactattttggttctttcagagttcagactccttggtgccatgatctcttgtatgccaattccttgtgaagatactaattcttctaagttgctatgcagGCAAAATATCTAGATATATTTATGCCGCCTTTGATCACGAAGTGGCAGCAACTTTCCAATTCTGACAAAGATCTATTTCCACTCCTTGAATGCTTTACAT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29626307|gb|CB631318.1|CB631318
EST:     ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAG                         GCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
genomic: ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAGgtgcaaagca ... tgctgcgcagGCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
EST: gi|29623086|gb|CB628097.1|CB628097
EST:     ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAG                         GCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
genomic: ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAGgtgcaaagca ... tgctgcgcagGCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
EST: gi|58611878|gb|CK039590.1|CK039590
EST:     ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAG                         GCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
genomic: ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAGgtgcaaagca ... tgctgcgcagGCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
EST: gi|58660018|gb|CK048698.1|CK048698
EST:     ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAG                         GCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
genomic: ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAGgtgcaaagca ... tgctgcgcagGCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
EST: gi|58667508|gb|CK056194.1|CK056194
EST:     ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAG                         GCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
genomic: ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAGgtgcaaagca ... tgctgcgcagGCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
EST: gi|58666235|gb|CK054921.1|CK054921
EST:     ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAG                         GCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
genomic: ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAGgtgcaaagca ... tgctgcgcagGCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
EST: gi|58662883|gb|CK051569.1|CK051569
EST:     ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAG                         GCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
genomic: ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAGgtgcaaagca ... tgctgcgcagGCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
EST: gi|58663523|gb|CK052209.1|CK052209
EST:     ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAG                         GCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
genomic: ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAGgtgcaaagca ... tgctgcgcagGCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
EST: gi|58608786|gb|CK036819.1|CK036819
EST:     ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAG                         GCAAAAATATCTAGA
genomic: ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAGgtgcaaagca ... tgctgcgcagGCAAAA-TATCTAGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 72 (upstream exon), 71 (downstream exon)
Score: 15

AGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAGgtgcaaagca ... tgctgcgcagGCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAACTTGCCAACTCTGATAAAGATTTATTCCCACTGCTCGAATGCTTTACAT




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttgtgtgttgattccttctacttataactaactacttttaatatgctgcgcagGCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAACTTGCCAACTCTGATAAAGATTTATTCCCACTGCTCGAATGCTTTACAT
                       ttataactaactactt  TA-rich tract