Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgcaaagcattttgatgaatatctctcttgtttgttcttttctattaacaagcaattatgtctctttgtttgtctgattccttttgtgtgttgattccttctacttataactaactacttttaatatgctgcgcagGCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAACTTGCCAACTCTGATAAAGATTTATTCCCACTGCTCGAATGCTTTACAT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g59494.1
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os04g59494.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 17
lower sequence: GRMZM2G376731_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 17
gtgcaaagcattttgatgaatatctctcttgtttgttcttttctattaacaagcaattatgtctctttgtttgtctgattccttttgtgtgttgattccttcta---------cttataacta-acta---cttttaatatgctgcgcagGCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAACTTGCCAACTCTGATAAAGATTTATTCCCACTGCTCGAATGCTTTACAT
|||| || ||| || |  |||   || ||  ||| ||  | | |  |   || | ||| ||  |||||    ||       | || |||   ||||  ||| ||         ||| | |  | ||||   ||| |||  ||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||  | ||||| || |||||||||||| |||| ||||| |||||| |||| ||||| || |||||||||||||
gtgctaa-catcttcacaaatccttcactgttttttttgtatatcatgcaaaactattttggttctttcagagttcagactccttggtgccatgatctcttgtatgccaattccttgtgaagatactaattcttctaagttgctatgcagGCAAAATATCTAGATATATTTATGCCGCCTTTGATCACGAAGTGGCAGCAACTTTCCAATTCTGACAAAGATCTATTTCCACTCCTTGAATGCTTTACAT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29626307|gb|CB631318.1|CB631318
EST:     ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAG                         GCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
genomic: ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAGgtgcaaagca ... tgctgcgcagGCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
EST: gi|29623086|gb|CB628097.1|CB628097
EST:     ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAG                         GCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
genomic: ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAGgtgcaaagca ... tgctgcgcagGCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
EST: gi|58611878|gb|CK039590.1|CK039590
EST:     ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAG                         GCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
genomic: ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAGgtgcaaagca ... tgctgcgcagGCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
EST: gi|58660018|gb|CK048698.1|CK048698
EST:     ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAG                         GCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
genomic: ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAGgtgcaaagca ... tgctgcgcagGCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
EST: gi|58667508|gb|CK056194.1|CK056194
EST:     ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAG                         GCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
genomic: ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAGgtgcaaagca ... tgctgcgcagGCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
EST: gi|58666235|gb|CK054921.1|CK054921
EST:     ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAG                         GCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
genomic: ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAGgtgcaaagca ... tgctgcgcagGCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
EST: gi|58662883|gb|CK051569.1|CK051569
EST:     ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAG                         GCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
genomic: ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAGgtgcaaagca ... tgctgcgcagGCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
EST: gi|58663523|gb|CK052209.1|CK052209
EST:     ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAG                         GCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
genomic: ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAGgtgcaaagca ... tgctgcgcagGCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAA
EST: gi|58608786|gb|CK036819.1|CK036819
EST:     ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAG                         GCAAAAATATCTAGA
genomic: ATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAGgtgcaaagca ... tgctgcgcagGCAAAA-TATCTAGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttgtgtgttgattccttctacttataactaactacttttaatatgctgcgcagGCAAAATATCTAGATATATTTATGCCACCACTAATCACAAAATGGCAGCAACTTGCCAACTCTGATAAAGATTTATTCCCACTGCTCGAATGCTTTACAT
                       ttataactaactactt  TA-rich tract