Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttttgttcaaaaatgtgccttcaattcattgtgattccttagtgagtaagtccaatcagaatctttggtggaacctaatcatgtgattatttctctagGTTCCAGAGATGTTTTACCTTCCTGAGTTATTTACGAATGTGAATTCGGTTGACTTAGGGTCAACTCAACTTACTGGAAAGCTAT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g44380.2
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g44380.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 17
lower sequence: GRMZM2G024245_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
gtaagttttgttcaaaaatgtgcct-------------tcaattcattgtgattccttagtgagta-agtccaatcagaatctttggt-ggaacctaatcatgtgattatttctctagGTTCCAGAGATGTTTTACCTTCCTGAGTTATTTACGAATGTGAATTCGGTTGACTTAGGGTCAACTCAACTTACTGGAAAGCTAT
|||||||||| | ||| ||||||||             || | |  ||    | | ||  |  ||  || | | |  |||||||     |||| || || |||||  ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||                                              
gtaagttttggtgaaacatgtgcctgttggatgtattttccactggttactgtgcattgtttggtgcagactatttggaatcttctacaggaatctgattatgtgggtatctttctagGTTCCAGAGATGTTTTACCTTCCTGAGGTATTTACTAAT----------------------------------------------


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gagtaagtccaatcagaatctttggtggaacctaatcatgtgattatttctctagGTTCCAGAGATGTTTTACCTTCCTGAGTTATTTACGAATGTGAATTCGGTTGACTTAGGGTCAACTCAACTTACTGGAAAGCTAT
                             acctaat  putative branch site (score: 3)
                                           ttatttctct  putative PPT
                                        tgattattt  TA-rich tract