Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atcaacttctgttgcggagttggttgtgaatagatagtacctcacatttggttcaacattaattatgatataaactcatactgttaagcatgtattgcagATGCTGGTATATGAGTTTATGCCTAATGGTACTCTACGTGATCATCTTTCAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g72990.2
intron # 17
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g72990.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 17
lower sequence: GRMZM2G165597_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 8
-atcaacttctgttgcggagttggttgtgaatagatagtacct-cacatttggttcaacattaattatgatataaactc-atactgttaagcatgtattgcagATGCTGGTATATGAGTTTATGCCTAATGGTACTCTACGTGATCATCTTTCAG
 |||  ||| |    |    |        | |   |||||  |  || ||   ||||||||  | ||| | |  | ||  | |||| ||||| | | || ||||||||||| || |||| |||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||
catctccttgtaaatcatgatgtacatgaagttagtagtaggtataccttccattcaacat--actataaaagtagcttgacactgctaagcctat-tttcagATGCTGGTTTACGAGTATATGCCCAATGGAAATCTGCGTGATCATCTTTCAG

upper sequence: LOC_Os01g72990.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 17
lower sequence: AT3G53590.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 13
atcaacttctgttgcggagttggttgtgaatagatagtacctcacatttggttcaacattaattatgatataaactcatactgttaagcatgtattgcagATGCTGGTATATGAGTTTATGCCTAATGGTACTCTACGTGATCATCTTTCAG
   |  | || ||||       ||||| | |   |||      |  | || |     | ||||      | | |    | |||||  |    |    ||||||||||||||||||| |||||||||||| | | | ||||||   |||||||
-gtatgtccttttgcatgtgcagttgtcagt---tagctttatatctatgctcttcgactaatc----cacataggtgttctgtttggttcatgc-acagATGCTGGTATATGAGTATATGCCTAATGGAAATGTGCGTGATTGGCTTTCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29660410|gb|CB656685.1|CB656685
EST:     ACCGGAACCTTGTTTCATTGCTTGGTTATTGTGATGAAGAAGATGAGCAG                         ATGCTGGTATATGAGTTTATGCCTAATGGTACTCTACGTGATCATCTTTCA
genomic: ACCGGAACCTTGTTTCATTGCTTGGTTATTGTGATGAAGAAGATGAGCAGgttgttcctg ... tgtattgcagATGCTGGTATATGAGTTTATGCCTAATGGTACTCTACGTGATCATCTTTCA
EST: gi|29659291|gb|CB655566.1|CB655566
EST:     ACCGGAACCTTGTTTCATTGCTTGGTTATTGTGATGAAGAAGATGAGCAG                         ATGCTGGTATATGAGTTTATGCCTAATGGTACTCTACGTGATCATCTTTCA
genomic: ACCGGAACCTTGTTTCATTGCTTGGTTATTGTGATGAAGAAGATGAGCAGgttgttcctg ... tgtattgcagATGCTGGTATATGAGTTTATGCCTAATGGTACTCTACGTGATCATCTTTCA
EST: gi|29657728|gb|CB654003.1|CB654003
EST:     ACCGGAACCTTGTTTCATTGCTTGGTTATTGTGATGAACAACATGAGCAG                         ATGCTGGTATATGAGTTTATGCCTAATGGTACTCTACGTGATCATCTTTCA
genomic: ACCGGAACCTTGTTTCATTGCTTGGTTATTGTGATGAAGAAGATGAGCAGgttgttcctg ... tgtattgcagATGCTGGTATATGAGTTTATGCCTAATGGTACTCTACGTGATCATCTTTCA
EST: gi|29658489|gb|CB654764.1|CB654764
EST:     ACCGGAACCTTGTTTCATTGCTTGGTTATTGTGATGAAGAAGATGAGCAG                         ATGCTGGTATATGAGTTTATGCCTAATGGTACTCTACGTGATCATCTTTCA
genomic: ACCGGAACCTTGTTTCATTGCTTGGTTATTGTGATGAAGAAGATGAGCAGgttgttcctg ... tgtattgcagATGCTGGTATATGAGTTTATGCCTAATGGTACTCTACGTGATCATCTTTCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atttggttcaacattaattatgatataaactcatactgttaagcatgtattgcagATGCTGGTATATGAGTTTATGCCTAATGGTACTCTACGTGATCATCTTTCAG
           cattaat  putative branch site (score: 3)
      ttcaacattaattatg  TA-rich tract