Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaattcttccaccaacaatatagttatcttgttagacagtccttgtagtctattcaattactgtgaataaataaagtattgaaaattaaaaggtgaaaatagtttagaacaccattatcatatcatgcatggttacattactgtatcagacatggttatggttacgaggtggtggtaatgaatctatttgttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAACGAGGCAACGGACATTTGCTAATATCTTGCACAAGGATATCAGATTTCC

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os12g01140.4
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os12g01140.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 20
lower sequence: GRMZM2G001457_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
gtaattcttccaccaacaatatagttatcttgttagacagtccttgtagtctattcaattactgtgaataaataaagtattgaaaattaaaaggtgaaaatagtttagaacaccattatcatatcatgcatggttacattactgtatcagacatggttatggttacgaggtggtg-gtaatgaatctatttgttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAACGAGGCAACGGACATTTGCTAATATCTTGCACAAGGATATCAGATTTCC
                                                                                                                    || |  ||| ||  || | | |  |   | |  || |  | ||    ||   | | ||| ||  |   |||| | ||||  ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||
-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------gtaactaatcttg--tgctaaaagaaacatgtatgatacagctac---tatatgatagtgagttctctttctactggttgtgtcagGAATTCTTCTATATGAGATGTTATATGGTTATACACCGTTCAGAGGGAAAACAAGACAAAGGACATTTGCTAATATTCTGCACAAGGATATCAGATTTCC

upper sequence: LOC_Os12g01140.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 20
lower sequence: GLYMA12G07890.2 (Glycine max), 3'ss of exon 21
gtaattcttccaccaacaatatagttatcttgttagacagtccttgtagtctattcaattactgtgaataaataaagtattgaaaattaaaaggtgaaaatagtttagaacaccattatcatatcatgcatggttacattactgtatcagacatggttatggttacgag-gtggtggtaatgaatctatttgttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAACGAGGCAACGGACATTTGCTAATATCTTGCACAAGGATATCAGATTTCC
                                                                                               |||  || |     | ||  ||| | |||    |    | |||| |    |  | ||| || ||   | |  |   |  |   | || ||   ||  ||  |||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| || || ||||| || |||||| | |||||| | |||||  | ||||||||  | | ||||||
-----------------------------------------------------------------------------------------------gaatttaatggccgaaac--ttaacctattggtctctttcacataa----aagacacacggatacactaaaaaacatactttgactgcatgccttacttttttcagGAATTCTTTTATATGAAATGTTTTATGGGTATACACCATTCAGGGGAAAGACTAGGCAAAGAACATTTACAAATATTCTCCACAAGGACCTTAAATTTCC

upper sequence: LOC_Os12g01140.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 20
lower sequence: Vv06s0004g03700.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 20
gtaattcttccaccaacaatatagttatcttgttagacagtccttgtagtctattcaattactgtgaataaataaagtattgaaaattaaaaggtgaaaatagtttagaacaccattatcatatcatgcatg-gttacattactgtatcagacatggttatggttacgaggtggtggtaatgaatctatttgttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAACGAGGCAACGGACATTTGCTAATATCTTGCACAAGGATATCAGATTTCC
                                                                                                 ||||| | || |      |     |  | |   ||   || |   ||  ||   |  |   ||  |||      |  || |     || | |||| |  || ||| |||||||||||||||||| | ||||| |||||||| ||||| ||||| || ||||||  ||||||||| || ||  | ||||| ||| | | ||||||
-------------------------------------------------------------------------------------------------aaatactatatatgtgtgtgtgtgttccctttgtgcactaaaactcttaattttaactcaatactgtttt----ttctgattgattatatgtttgctcttttagGCATTCTTCTATATGAAATGCTTTATGGATATACACCATTTAGGGGAAAGACAAGGCAAAAGACATTTGCCAACATTCTTCACAAAGATCTTAAATTTCC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29644412|gb|CB649419.1|CB649419
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|25806002|gb|CA761963.1|CA761963
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|66913937|gb|CX100785.1|CX100785
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCAATACAAGCGCTGTTGACTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|29621738|gb|CB626749.1|CB626749
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|58695632|gb|CK084319.1|CK084319
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|29623925|gb|CB628936.1|CB628936
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|29630467|gb|CB635476.1|CB635476
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|29641401|gb|CB646408.1|CB646408
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|29663823|gb|CB660098.1|CB660098
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|29678745|gb|CB675020.1|CB675020
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|18386007|gb|BM419206.1|BM419206
EST:     ATAC-AGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: ATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|88299110|gb|CI570080.1|CI570080
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|29630120|gb|CB635129.1|CB635129
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|29634078|gb|CB639087.1|CB639087
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|29672021|gb|CB668296.1|CB668296
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|58695041|gb|CK083728.1|CK083728
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|29623926|gb|CB628937.1|CB628937
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|29624138|gb|CB629149.1|CB629149
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|29646711|gb|CB651718.1|CB651718
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|33680724|gb|CF308963.1|CF308963
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|29622724|gb|CB627735.1|CB627735
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|29674379|gb|CB670654.1|CB670654
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
EST: gi|29677072|gb|CB673347.1|CB673347
EST:     GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAG                         GGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA
genomic: GATTATTACAGGAGCTGGCCATACAAGCGCTGTTGATTGGTGGGCTCTAGgtaattcttc ... gttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcagacatggttatggttacgaggtggtggtaatgaatctatttgttgattcagGGATTCTTCTATATGAAATGTTGTATGGTTATACACCTTTTAGAGGAAAAACGAGGCAACGGACATTTGCTAATATCTTGCACAAGGATATCAGATTTCC
                                            tgttgat  putative branch site (score: 4)
                               taatgaatctattt  TA-rich tract