Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgattgaacctttcctcattgaatatcgtaatatcccatgattgtcgtctgtagtttgttgctgatccgtgtgcgatataccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGATCAGAACTGCCTTGGTGGATGCTGCAAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os10g32550.1
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os10g32550.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 16
lower sequence: GRMZM2G111477_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
---------------------------gtatgattgaacctttcctcattgaatatcgtaatatcccatgattgtcg-----tctgtagtttgttgctgatccgtgtgcgatataccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGATCAGAACTGCCTTGGTGGATGCTGCAAG
                                 ||  | ||       || || ||  | |  | | |    ||  |     |||  |  |  ||||||||  ||    ||   |  || |  |||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||
gtatgatgtctcagcatttgcctgcccagtcatttttatctcaaacagttaaacatgatcaggtgctaaaggtgggggtgtttctacatatgcttgctgatatgt-catgaatgatattgtacagGTGAATATGTTGACATGGTGAAGACCGGTATCATTGACCCGCTAAAGGTTATCAGAACTGCTTTGGTGGATGCTGCTAG

upper sequence: LOC_Os10g32550.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 16
lower sequence: GRMZM2G416120_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 15
gtatgat------tgaacctttcctcattgaatatcgtaatatcccatgattgtcgt----ctgtagtttgttgctgatccgtgtgcgatataccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGATCAGAACTGCCTTGGTGGATGCTGCAAG
|||||||      | |   ||| |      | | | | ||      | ||| |   |    || ||  |  ||||||||  ||    ||   |  || |  ||  ||||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||
gtatgatgatctcttagtgtttgcatgccaatttttgcaaacagtaaagatggggatgtttctatatatgtttgctgatatgt-catgaatgatattgtacagACGAATACGTTGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGATCCGCTAAAGGTCATCAGAACTGCATTGGTGGATGCTGCTAG

upper sequence: LOC_Os10g32550.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 16
lower sequence: AT3G23990.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 14
gtatgattgaacctttcctcattgaatatcgtaatatcccatgattgtcgtctgtagtttgttgctgatccgtgtgcgatataccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGATCAGAACTGCCTTGGTGGATGCTGCAAG
        |    ||||   ||     ||| | |  || | |   |    |||| || |||    | | |    || |    ||   |  |||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||||||||| || || ||||| |||||||| ||
--------gtgagtttcacaatc---catcatcacttcacttttgttctctctgaagattgc-atttagctaactgtggagaac--aaactagGTGAATATGTGGATATGGTGAAAGCTGGAATCATAGACCCTCTGAAAGTGATCAGGACAGCTTTGGTTGATGCTGCGAG

upper sequence: LOC_Os10g32550.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 16
lower sequence: AT2G33210.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 15
--------------------gtatgattgaaccttt-----cctcattgaatatcgtaatatcccatgattgtcgtctgtagtttgttgctgatccgtgtgcgatataccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGATCAGAACTGCCTTGGTGGATGCTGCAAG
                      || ||| |   | |      ||   |  |  | || ||||    |   | |  || | | | ||     | | | | ||  || ||| ||    ||| ||||||||||||||| | ||||||||||| || || ||  | |||||||||||||| || || || |||||||||||
gttacactcttatatgcattagataattcactttctatagttcttgatccaccttgttatatatt-tccctatattccgaaatctgaactagcttcttttggcatttacttt---cagGAGAATATGTGGACATGATAAAGGCTGGTATTATCGATCCTTTGAAAGTGATCAGAACCGCATTAGTTGATGCTGCAAG

upper sequence: LOC_Os10g32550.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 16
lower sequence: Vv05s0051g00340.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 16
--------------------------------gtatgattgaacctttcctcattgaatatcgtaatatcccatgattgtcgtctgtagtttgttgctgatccgtgtgcgatataccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGATCAGAACTGCCTTGGTGGATGCTGCAAG
                                 ||||     |  ||   |||   | |   ||    |   || ||| |  | |     |       | |  || |     ||  || |  ||||||||||||| || ||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| || ||||| || ||||| |||||||||||
gtttgtgctacatttgaattattttcgtttttatatgcccttagtttctttcaccaagtgg-gtgtggtattattattatttttttgcactcaaaatggttttgtttatc-cattgctcacttagGTGAATATGTTGATATGGTCAAAGCTGGAATTATTGATCCACTGAAAGTAATTAGAACAGCTTTGGTTGATGCTGCAAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86425601|gb|CI070698.1|CI070698
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|89189436|gb|CI048975.1|CI048975
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|88830728|gb|CI078172.1|CI078172
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|88989058|gb|CI042171.1|CI042171
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|287010|gb|D15815.1|D15815
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|89186127|gb|CI047996.1|CI047996
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTG-AGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|86429482|gb|CI076163.1|CI076163
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|88907186|gb|CI089980.1|CI089980
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|86495221|gb|CI137854.1|CI137854
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|89180891|gb|CI044974.1|CI044974
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGT-AAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|88328307|gb|CI651318.1|CI651318
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|29632104|gb|CB637113.1|CB637113
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|86428867|gb|CI075548.1|CI075548
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|58596546|gb|CK007074.1|CK007074
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|218483700|gb|FG965930.1|FG965930
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|27577977|gb|CB000672.1|CB000672
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|86431980|gb|CI085591.1|CI085591
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|58654346|gb|CK043026.1|CK043026
EST:     AAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: AAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|89178963|gb|CI043468.1|CI043468
EST:     GGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: GGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|89180903|gb|CI044986.1|CI044986
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|89188889|gb|CI048625.1|CI048625
EST:     GATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: GATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|27576373|gb|CA999067.1|CA999067
EST:     AAGCTTTTGGAAACA-GATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGG
genomic: AAGCTTTTGGAA-CAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGG
EST: gi|88833590|gb|CI077071.1|CI077071
EST:     TAAGCTTTTGGTACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|94362407|gb|CI052402.1|CI052402
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|89182930|gb|CI045688.1|CI045688
EST:     CACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: CACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|27546502|gb|CA764746.2|CA764746
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|88907448|gb|CI090242.1|CI090242
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTGGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|86859495|gb|CI278890.1|CI278890
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|87029223|gb|CI276491.1|CI276491
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACTTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|88248193|gb|CI248042.1|CI248042
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|58686259|gb|CK074946.1|CK074946
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|86491986|gb|CI134619.1|CI134619
EST:     TGGAACAAGATAACACCGACTTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|163927982|gb|EG712958.1|EG712958
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|86425146|gb|CI070243.1|CI070243
EST:     CAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: CAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|86503371|gb|CI146004.1|CI146004
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|163928905|gb|EG709758.1|EG709758
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|86492527|gb|CI135160.1|CI135160
EST:     CCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: CCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|88249312|gb|CI249161.1|CI249161
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|89177209|gb|CI043712.1|CI043712
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|218501741|gb|FG957158.1|FG957158
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|88907326|gb|CI090120.1|CI090120
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|58678370|gb|CK067057.1|CK067057
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|88243106|gb|CI244228.1|CI244228
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|25803762|gb|CA759723.1|CA759723
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|89179935|gb|CI044214.1|CI044214
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|88955616|gb|CI091905.1|CI091905
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTNGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|86484354|gb|CI126987.1|CI126987
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|89176211|gb|CI043232.1|CI043232
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|86432702|gb|CI086313.1|CI086313
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|89189803|gb|CI049342.1|CI049342
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|89173683|gb|CI041576.1|CI041576
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|86493424|gb|CI136057.1|CI136057
EST:     AAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGTCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTG
genomic: AAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGG-CTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTG
EST: gi|89187757|gb|CI115203.1|CI115203
EST:     GCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: GCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|88487530|gb|CI424801.1|CI424801
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|88908113|gb|CI090709.1|CI090709
EST:     AAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: AAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|58594648|gb|CF992956.1|CF992956
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|86428036|gb|CI073133.1|CI073133
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
EST: gi|86426191|gb|CI071288.1|CI071288
EST:     TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAG                         GTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA
genomic: TAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 70 (upstream exon), 73 (downstream exon)
Score: 93

GTGCACACTATTGCTTCCAACGCAGGTGTAGAAGGGGCTGTTGTTGTCGGTAAGCTTTTGGAACAAGATAACACCGACCTTGGCTATGATGCGGCTAAAGgtatgattga ... ccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGATCAGAACTGCCTTGGTGGATGCTGCAAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccatgattgtcgtctgtagtttgttgctgatccgtgtgcgatataccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGATCAGAACTGCCTTGGTGGATGCTGCAAG
                        tgctgat  putative branch site (score: 93)
                                               ttatgta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgattgaacctttcctcattgaatatcgtaatatcccatgattgtcgtctgtagtttgttgctgatccgtgtgcgatataccttatgtagGTGAATATGTGGACATGGTGAAGGCTGGTATCATTGACCCACTAAAAGTGATCAGAACTGCCTTGGTGGATGCTGCAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC