Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagttgaattaataatatgttgccttgatatattcaggtaattatcaatatgatactattcatgagttgtaatgttttgatatggttgtagGGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os07g47290.1
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os07g47290.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 16
lower sequence: GRMZM2G427620_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 9
gtgagttgaattaataatatgttgccttgatatattcaggta---attatcaatatgatact-------attcat--gagttgtaatgttttgatatggttgtagGGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT--------------------------------------------------------------------------------------------------
|||||| | || ||  |  | |  || |  | || |||  |    |||  | || |  | |        | ||||  ||| ||    |||||  | |      ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||                                                                                                  
gtgagtggcatgaaccagctctctccctt-tttactcaaatccacattgcctatgtacttcccagttgcactcatatgagctgctgcgtttttgtttaac---agggtggacttgcacctggtggtttcaactttgatgccaaattgtcagtaccttttgtgtaggttgtaacatttctctatggcttcaatcagGCTAGGAAAGGAGACTTTGAGACGCTAGAAAAGAAGGTTCTAGAGTGGG

upper sequence: LOC_Os07g47290.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 16
lower sequence: GRMZM2G080345_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
gtgagttgaattaataatatgttgccttgatatattcaggt-----aattatcaatatgatact-------attcatg--agttgtaatgttttgatatggttgtagGGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT------------------------
|||||| | || ||  |  | |  || |  | || |||  |       ||  | || |  | |        | ||||   || ||    |||||  | |      ||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||| || |                        
gtgagtggcatgaaccagctctctccctt-tttactcaaatccacagtttgcctatgtacttcctggttgcactcatataagctgctgcgtttttgtttaac---agGGTGGACTTGCACATGGTGGTTTCAACTTTGATGCCGAACTGTTAGTACCTTTTGTCATATTCTG

upper sequence: LOC_Os07g47290.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 16
lower sequence: GRMZM2G081682_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 16
----gtgagttgaattaataatatgttgccttgatatattcaggtaattatcaatatgatact-------attcatg--agttgtaatgttttgatatggttgtagGGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
    |||   |||| ||    | |      ||  |  | ||      ||  | || |  | |        | ||||   || ||     ||||  | |      ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
gtgagtggcatgaactagctctctccctttttactcaaatccacagtttgcctatgtacttcctggttgcactcatataagctgctgcatttttgtttaac---agGGTGGACTTGCACCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCCAAATT

upper sequence: LOC_Os07g47290.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 16
lower sequence: GRMZM2G313536_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 13
gtgagttgaattaataatatgttgccttgatatattcaggta---attatcaatatgatact-------attcat--gagttgtaatgttttgatatggttgtagGGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT--------------------------------------------------------------------------------------------------
|||||| | || ||  |  | |  || |  | || |||  |    |||  | || |  | |        | ||||  ||| ||    |||||  | |      ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||                                                                                                  
gtgagtggcatgaaccagctctctccctt-tttactcaaatccacattgcctatgtacttcccagttgcactcatatgagctgctgcgtttttgtttaac---agggtggacttgcacctggtggtttcaactttgatgccaaattgtcagtaccttttgtgtagGTTGTAACATTGCTCTATGGCTTCAATCAGGCTAGGAAAGGAGACTTTGAGACGCTAGAAAAGAAGGTTCTAGAGTGGG

upper sequence: LOC_Os07g47290.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 16
lower sequence: GRMZM2G335948_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
------gtgagttgaattaataatatgttgccttgatatattcaggtaattatcaatatgatactattcatgagttgtaatgttttgatatggttgtagGGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAA---CTTTGATGCCAAATT---------------------------------------
       |  | || | |   |    || |  |  |  |        |||| ||| ||      | |   |  |||||||  ||    ||||| | |      |||| | |   |     || |    ||   |    |  ||                                       
tgtttaatagggtggacttgcacctggtggtttcaactttgatgccaaattgtcagtacc---ttttgtgtaggttgtaacattgctctatggct-tcaatcagGCTAGGAAAGGAGACTTTGAGACGCTAGAAAAGAAGGTTCTAGAGTGGGGTGAGCCCGCTGTTGCATCCGGCAAGCAG

upper sequence: LOC_Os07g47290.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 16
lower sequence: GRMZM2G005493_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 16
-----------------------------------------gtgagttgaattaataatatgttgccttgatatatt-caggtaattatcaatatgatactattcatg-agttgtaatgttttgatatggttgtagGGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
                                            |||||  |   || |   | |  | ||  |  | ||  | || |  |||    || |||| ||   ||||     ||||  | ||     ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
gtgagtggcatgaatcagctctctccgtttttactcgaaccagcagttgcctgtctactgcctggtttggactttctgcatttgatgaaaaatgcagtaatattaatatggttgcttcatttttgtttgtcaacagGGTGGACTTGCACCTGGTGGCTTCAACTTTGACGCCAAATT

upper sequence: LOC_Os07g47290.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 16
lower sequence: GRMZM2G544990_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 13
--------------------------gtgagttgaa--ttaataatatgttgccttgatatatt---caggtaattat----caatatgatactattca---tgagttgtaatgttttgatatggttgtagGGTGGGCTTGCACCTGGTG-GATTCAACTTTGATGCCAAATT-----
                          |||  || ||  || ||   |  ||| |   |  | ||    ||||  | |     |  ||||     | |||   |  |     |   ||||| | | | | |  |  || |      ||| | ||  |  || |     |          
tgtttaacagggtggacttgcacctggtggtttcaactttgatgccaaattgtcagtaccttttgtgtaggttgtaacattgctctatggcttcaatcagGCTAGGAAAGGAGACTTTGAGACGCTAGAAAAGAAGGTTCTAGAGTGGGGTGAGCCCGCTGTTGCATCCGGCAAGCAG

upper sequence: LOC_Os07g47290.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 16
lower sequence: Vv11s0052g01710.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 17
gtgagttgaattaataatatgttgccttgatatattcaggtaattatcaatatgatactattcatgagttg-taatgttttgatatggttg-tagGGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
||  ||  | |   |  |        ||  | || |    |  || |      | ||  |  ||| |  || || |   ||  | |  |||  |||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||
gtatgtcaactcgttgctgatgatttttcttctactt---ttttttttggggggttaaaaaacattaactggtactacctttttttcattgacagGGAGGGCTGGCCCCTGGAGGATTCAACTTTGATGCCAAATT

upper sequence: LOC_Os07g47290.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 16
lower sequence: EFJ07726 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 14
gtgagttgaattaataatatgttgccttgatatattcaggtaattatcaatatgatactattcatgagttgtaatgttttgatatggttgtagGGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
                                   | ||  | | |  || ||| | ||   | |||   |||   | ||    || |||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |
----------------------------------gtaagtcactcaaaaacatgtttcttcgcctga-ccgtatcatctt---ttgcttgtagGGAGGTCTTGCTCCTGGTGGATTCAACTTCGATGCCAAACT

upper sequence: LOC_Os07g47290.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 16
lower sequence: EFJ07670 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 14
gtgagttgaattaataatatgttgccttgatatattcaggtaattatcaatatgatactattcatgagttgtaatgttttgatatggttgtagGGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
                                       ||||    |   |  | | | ||   |  |     | | ||    | ||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |
---------------------------------------gtaagccactcaaaaacatttttttcgcctgaccgtatctt----ttgttgtagGGAGGCCTTGCTCCTGGTGGATTCAACTTCGATGCCAAACT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86854458|gb|CI256580.1|CI256580
EST:     TACTTTGGTTATGTCAAGTGTGTTTAAGAAT                         GGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCCAATT
genomic: TACTTTGGTTATGTCAAGTGTGGTTAAGAATgtgagttgaa ... atggttgtagGGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|33654092|gb|CF276706.1|CF276706
EST:     TTACAGATATTTCAGAGGCTACTTTGGTTATGCCAAGTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TTACAGATATTTCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTGGTTAAGAATgtgagttgaa ... atggttgtagGGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|88985909|gb|CI033238.1|CI033238
EST:     TGTGGTTAAGAAT                         GGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TGTGGTTAAGAATgtgagttgaa ... atggttgtagGGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|29667757|gb|CB664032.1|CB664032
EST:     TTACAGATATTTCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TTACAGATATTTCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTGGTTAAGAATgtgagttgaa ... atggttgtagGGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|29625367|gb|CB630378.1|CB630378
EST:     TTACAGATATTTCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TTACAGATATTTCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTGGTTAAGAATgtgagttgaa ... atggttgtagGGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|29642115|gb|CB647122.1|CB647122
EST:     TTACAGATATTTCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TTACAGATATTTCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTGGTTAAGAATgtgagttgaa ... atggttgtagGGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|29643120|gb|CB648127.1|CB648127
EST:     TTACAGATATTTCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TTACAGATATTTCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTGGTTAAGAATgtgagttgaa ... atggttgtagGGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|29688080|gb|CB684355.1|CB684355
EST:     GATATTTCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: GATATTTCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTGGTTAAGAATgtgagttgaa ... atggttgtagGGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|12622805|gb|AU173018.1|AU173018
EST:     TTACAGATATTTCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TTACAGATATTTCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTGGTTAAGAATgtgagttgaa ... atggttgtagGGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|29661148|gb|CB657423.1|CB657423
EST:     TTACAGATATTTCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TTACAGATATTTCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTGGTTAAGAATgtgagttgaa ... atggttgtagGGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|29657675|gb|CB653950.1|CB653950
EST:     TTACAGATATTTCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TTACAGATATTTCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTGGTTAAGAATgtgagttgaa ... atggttgtagGGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|58031266|gb|CX728809.1|CX728809
EST:     TTCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TTCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTGGTTAAGAATgtgagttgaa ... atggttgtagGGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|89172814|gb|CI022693.1|CI022693
EST:     TTACAGATATTTCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TTACAGATATTTCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTGGTTAAGAATgtgagttgaa ... atggttgtagGGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|5004160|gb|AU069309.1|AU069309
EST:     TTACAGATATTTCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TTACAGATATTTCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTGGTTAAGAATgtgagttgaa ... atggttgtagGGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|29665147|gb|CB661422.1|CB661422
EST:     TTACAGATATTTCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TTACAGATATTTCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTGGTTAAGAATgtgagttgaa ... atggttgtagGGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|29620969|gb|CB625980.1|CB625980
EST:     TTACAGATATTTCAGAGGCTGCTTTGGTTATGTCAAGTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TTACAGATATTTCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTGGTTAAGAATgtgagttgaa ... atggttgtagGGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|29644690|gb|CB649697.1|CB649697
EST:     TTACAGATATTTCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TTACAGATATTTCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTGGTTAAGAATgtgagttgaa ... atggttgtagGGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
EST: gi|29637954|gb|CB642963.1|CB642963
EST:     TTACAGATATTTCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTGGTTAAGAAT                         GGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
genomic: TTACAGATATTTCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTGGTTAAGAATgtgagttgaa ... atggttgtagGGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 68 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 98

GTTGGGACACCGATCAGTTCCTTACAGATATTTCAGAGGCTACTTTGGTTATGTCAAGTGTGGTTAAGAATgtgagttgaa ... atggttgtagGGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggtaattatcaatatgatactattcatgagttgtaatgttttgatatggttgtagGGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT
                                      ttttgat  putative branch site (score: 98)
     ttatcaatatgata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgagttgaattaataatatgttgccttgatatattcaggtaattatcaatatgatactattcatgagttgtaatgttttgatatggttgtagGGTGGGCTTGCACCTGGTGGATTCAACTTTGATGCCAAATT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA