1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' |
gtaacttatggtggtagctaaggcagttaaggtataatttgtttccaggagttgctcaactcttgataatttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTCATTGTTTATGCCATGATGAGCTTCCAGTGGACAGCAGCCAAGTTCTTCT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os06g36090.2 |
intron # | 16 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCNTATGCCATTGCTCAG GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTCEST: gi|88675207|gb|CI727322.1|CI727322
genomic: AGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
EST: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAG GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTCEST: gi|88905055|gb|CI712354.1|CI712354
genomic: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
EST: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAG GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTCEST: gi|88671120|gb|CI725236.1|CI725236
genomic: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
EST: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAG GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTCEST: gi|88674502|gb|CI728615.1|CI728615
genomic: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
EST: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAG GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTCEST: gi|88668092|gb|CI722831.1|CI722831
genomic: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
EST: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAG GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTCEST: gi|29673479|gb|CB669754.1|CB669754
genomic: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
EST: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAG GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTCEST: gi|88593501|gb|CI713455.1|CI713455
genomic: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
EST: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAG GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTCEST: gi|88908493|gb|CI713052.1|CI713052
genomic: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
EST: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAG GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTCEST: gi|88666602|gb|CI718738.1|CI718738
genomic: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
EST: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAG GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTCEST: gi|38470736|gb|CF954867.1|CF954867
genomic: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
EST: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAG GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTCEST: gi|88594702|gb|CI714660.1|CI714660
genomic: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
EST: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAG GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTCEST: gi|88675171|gb|CI729284.1|CI729284
genomic: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
EST: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAG GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTCEST: gi|88676085|gb|CI730198.1|CI730198
genomic: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
EST: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAG GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTCEST: gi|88973905|gb|CI718313.1|CI718313
genomic: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
EST: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAG GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTCEST: gi|88594975|gb|CI715131.1|CI715131
genomic: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
EST: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAG GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTCEST: gi|88594998|gb|CI715154.1|CI715154
genomic: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
EST: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAG GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTCEST: gi|88904455|gb|CI711763.1|CI711763
genomic: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
EST: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAG GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTCEST: gi|88973704|gb|CI718132.1|CI718132
genomic: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
EST: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAG GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCEST: gi|33682388|gb|CF310627.1|CF310627
genomic: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTC
EST: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAG GTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
genomic: GAGAGAGGGCTGCTGGGATGTACTCTGCTATGCCCTATGCCATTGCTCAGgtaacttatg ... tttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTC
agttaaggtataatttgtttccaggagttgctcaactcttgataatttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTCATTGTTTATGCCATGATGAGCTTCCAGTGGACAGCAGCCAAGTTCTTCT
tcttgat putative branch site (score: 29)
tataatttgttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaacttatggtggtagctaaggcagttaaggtataatttgtttccaggagttgctcaactcttgataatttgttgtagGTTGTCATGGAGATACCCTATGTGTTCGTCCAAACTGCATATTATACCCTCATTGTTTATGCCATGATGAGCTTCCAGTGGACAGCAGCCAAGTTCTTCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA