Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttctttgtaatttaaagtcataattttcaattgcattgaacaatgcaatccaacaagtgcttcctaaggcctcattagttttaactctacgtgttgcttcatgagcagAGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g59494.2
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os04g59494.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 16
lower sequence: GRMZM2G376731_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 16
gttctttgtaatttaaagtcataattttcaattgcattgaacaatgcaatccaacaagtgcttcctaaggcctca-----ttagttttaactct--acgtgttgcttcatgagcagAGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAG
|||||||| |||||||| | ||| | ||  || ||||  |   ||      |||  | ||||   | ||  ||||     ||| || ||  | |  |  ||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || || || || ||||||||||||||||| ||  | || |||
gttctttgaaatttaaa-taatattgttttat-gcatgcactgattgttatcaagcactgctatgttagctctcacattcttatttctagttttttatatgttgcttc-tgagcagAGACGAAATCTTCGGATACTCTATGATGCCCTTGGTACCCTGGCTGATGCTGTTGGAGCAGAATTAAATCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58668781|gb|CK057467.1|CK057467
EST:     ACTTGGGACTTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAG                         AGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGC
genomic: ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgta ... tcatgagcagAGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGC
EST: gi|29626307|gb|CB631318.1|CB631318
EST:     ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAG                         AGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
genomic: ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgta ... tcatgagcagAGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
EST: gi|29623086|gb|CB628097.1|CB628097
EST:     ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAG                         AGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
genomic: ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgta ... tcatgagcagAGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
EST: gi|58611878|gb|CK039590.1|CK039590
EST:     ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAG                         AGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
genomic: ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgta ... tcatgagcagAGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
EST: gi|58660018|gb|CK048698.1|CK048698
EST:     ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAG                         AGACGAAACCTTCGAATACTGTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
genomic: ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgta ... tcatgagcagAGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
EST: gi|58667508|gb|CK056194.1|CK056194
EST:     ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAG                         AGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
genomic: ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgta ... tcatgagcagAGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
EST: gi|58672477|gb|CK061163.1|CK061163
EST:     ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAG                         AGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
genomic: ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgta ... tcatgagcagAGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
EST: gi|58666235|gb|CK054921.1|CK054921
EST:     ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAG                         AGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
genomic: ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgta ... tcatgagcagAGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
EST: gi|58662883|gb|CK051569.1|CK051569
EST:     ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAG                         AGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
genomic: ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgta ... tcatgagcagAGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
EST: gi|58663523|gb|CK052209.1|CK052209
EST:     ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAG                         AGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
genomic: ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgta ... tcatgagcagAGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCT
EST: gi|58608786|gb|CK036819.1|CK036819
EST:     ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAG                         AGACGAAACCTTCGAAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGC
genomic: ACTTGGGAATTATTTTGCAGCACCTTATGTGTGCCTATGGAAAATACCAGgttctttgta ... tcatgagcagAGACGAAACCTTCGAA-TACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

caagtgcttcctaaggcctcattagttttaactctacgtgttgcttcatgagcagAGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAG
                         ttttaac  putative branch site (score: 2)
                                        ttgcttc  putative PPT
                    attagttttaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttctttgtaatttaaagtcataattttcaattgcattgaacaatgcaatccaacaagtgcttcctaaggcctcattagttttaactctacgtgttgcttcatgagcagAGACGAAACCTTCGAATACTCTATGATGCTCTCGGCACTCTTGCTGATGCTGTTGGAGCTGAGCTTAACCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGCTT