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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatggtcccattctgttattgtttgttgaccttataatatccttcattttgtttcttgaaccaaagcaaatgaagtagcacaatttggcattgcaaattcgggtgtttatcgcagagtgtgagtgcaacaaatactggtgaactgaccattagttcctcaaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTACATCGAGCAGTATGAGAAGGATTCTTCCAAGACCGGCAGGGATTCGCAGG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g50480.1
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g50480.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 16
lower sequence: GRMZM2G023289_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 16
gtatggtcccattctgttattgtttgttgaccttataatatccttcattttgtttcttgaaccaaagcaaatgaagtagc-acaatttggcattgcaaattcgggtgtttatcgcagagtg-tgagtgcaacaaatactggtgaactgaccattagttcctcaaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTACATCGAGCAGTATGAGAAGGATTCTTCCAAGACCGGCAGGGATTCGCAGG
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----------------------------------------------------------------------atgaagggactaaaaattagtccctagaaaccaaacaccccctatatcatactggccacaagttgcgctggtgagctaac-atggatttttggcgttctagGTGTTCCGTCTATCCGGAACCGGTTCTGTTGGTGCCACCATCCGTGTCTACATCGAGCAATACGAGAAGGATTCCTCCAAGACCGGCAGGGATTCACAGG

upper sequence: LOC_Os03g50480.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 16
lower sequence: GRMZM2G109383_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 16
gtatggtcccattctgttattgtttgttgaccttataatatccttcattttgtttcttgaaccaaagcaaatgaagtagcacaatttggcattgcaaattcgggtgtttatcgcagagtgtgagtgcaacaaatactggtgaactgaccattagttcctcaaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTACATCGAGCAGTATGAGAAGGATTCTTCCAAGACCGGCAGGGATTCGCAGG
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---------------------------------------------------------ggattcatccttggtcagatggatatatttgggatctctgacta-------tatcatac----tggccacaactaatgctggtgagctaac-atggatttttgacattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACCGGTTCTGTTGGTGCCACCATCCGTGTCTACATCGAGCAGTACGAGAGGGACTCCTCTAAGACCGGCAGGGATTCACAGG

upper sequence: LOC_Os03g50480.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 16
lower sequence: Vv01s0011g05370.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 17
gtatggtcccattctgttattgtttgttgaccttataatatccttcattttgtttcttgaaccaaagcaaatgaagtagcacaatttggcattgcaaattcgggtgtttatcgcagagtgtgagtgcaacaa--atactggtgaactgaccattagttcctcaaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTACATCGAGCAGTATGAGAAGGATTCTTCCAAGACCGGCAGGGATTCGCAGG
                                                                    | |     |  |  |   | || ||  | |      |  | |   || | |   | | | | |    | |||      || || | | |   |  ||||| || | ||||||||||| ||||||||||| |  ||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||| || |
-------------------------------------------------------------------tatacatcttttccaagacttgcgtttgaga---aaatactgagtccaaactcc-actactaaagtcgttctgtcttgttgtccctcactggatataattccagATTTTCCGCCTCTCGGGAACTGGCTCAGAAGGTGCAACCATCCGTGTCTATATTGAGCAGTATGAGAAGGATTCGTCAAAGACTGGGAGGGATTCTCAAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88906039|gb|CI089625.1|CI089625
EST:     TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
genomic: TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
EST: gi|88908259|gb|CI090852.1|CI090852
EST:     TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTTTAC
genomic: TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
EST: gi|88270362|gb|CI385620.1|CI385620
EST:     CATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGGTTGGTGCTACTATCCGTGTTTA
genomic: CATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCT-GTTGGTGCTACTATCCGTGTCTA
EST: gi|88840520|gb|CI079974.1|CI079974
EST:     TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
genomic: TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
EST: gi|29671541|gb|CB667816.1|CB667816
EST:     TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
genomic: TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
EST: gi|58663229|gb|CK051915.1|CK051915
EST:     TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
genomic: TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
EST: gi|88983385|gb|CI028621.1|CI028621
EST:     TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
genomic: TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
EST: gi|15853002|gb|BI805798.1|BI805798
EST:     TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
genomic: TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
EST: gi|29682385|gb|CB678660.1|CB678660
EST:     TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
genomic: TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
EST: gi|86836105|gb|CI346160.1|CI346160
EST:     TCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
genomic: TCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
EST: gi|3767813|gb|AU031840.1|AU031840
EST:     CTTCGGAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCNCGTGTCTA
genomic: CTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATC-CGTGTCTA
EST: gi|29689599|gb|CB685874.1|CB685874
EST:     TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
genomic: TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
EST: gi|58679829|gb|CK068516.1|CK068516
EST:     TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
genomic: TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
EST: gi|88248753|gb|CI248602.1|CI248602
EST:     TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
genomic: TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
EST: gi|88965715|gb|CI006605.1|CI006605
EST:     TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
genomic: TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
EST: gi|86494207|gb|CI136840.1|CI136840
EST:     TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
genomic: TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
EST: gi|88252219|gb|CI350647.1|CI350647
EST:     TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCGCCTCTCTGGAACT-GCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTGTAC
genomic: TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
EST: gi|86433328|gb|CI093671.1|CI093671
EST:     TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTGTAC
genomic: TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
EST: gi|29671585|gb|CB667860.1|CB667860
EST:     TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
genomic: TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
EST: gi|89175641|gb|CI042662.1|CI042662
EST:     TCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGGTCTA
genomic: TCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGT-GTCTA
EST: gi|86494708|gb|CI137341.1|CI137341
EST:     TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
genomic: TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
EST: gi|86479043|gb|CI121676.1|CI121676
EST:     CTCCAAGCATCCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
genomic: CTCCAAGCAT-CAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
EST: gi|88219887|gb|CI219447.1|CI219447
EST:     TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
genomic: TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
EST: gi|7332534|gb|AU085880.1|AU085880
EST:     TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
genomic: TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
EST: gi|88831443|gb|CI083837.1|CI083837
EST:     TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTTTAC
genomic: TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
EST: gi|88902184|gb|CI374792.1|CI374792
EST:     CCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
genomic: CCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
EST: gi|33656202|gb|CF278816.1|CF278816
EST:     TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
genomic: TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
EST: gi|88554537|gb|CI484727.1|CI484727
EST:     TCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
genomic: TCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
EST: gi|88274732|gb|CI395138.1|CI395138
EST:     TCGGAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
genomic: TCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
EST: gi|58662891|gb|CK051577.1|CK051577
EST:     TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
genomic: TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
EST: gi|88250414|gb|CI348644.1|CI348644
EST:     TCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCGCCTCTCT-GAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTGTAC
genomic: TCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
EST: gi|8856483|gb|AU093801.1|AU093801
EST:     TCNCAAGCATCAGGGTGNCCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAN
genomic: TC-CAAGCATCAGGGTG-TCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
EST: gi|86866331|gb|CI336942.1|CI336942
EST:     TACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCCCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
genomic: TACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
EST: gi|15855630|gb|BI808442.1|BI808442
EST:     TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCC-GCTG                         GTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGCTTGGTGCTACTATCCGTGTCTA
genomic: TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTG-TTGGTGCTACTATCCGTGTCTA
EST: gi|89192998|gb|CI050296.1|CI050296
EST:     TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
genomic: TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
EST: gi|89174464|gb|CI110662.1|CI110662
EST:     TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGAAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTTGGTGCTACTATCCGTGTCTA
genomic: TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTG-TTGGTGCTACTATCCGTGTCTA
EST: gi|88414031|gb|CI531003.1|CI531003
EST:     TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
genomic: TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
EST: gi|10931022|gb|AU161296.1|AU161296
EST:     TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
genomic: TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
EST: gi|88272851|gb|CI386111.1|CI386111
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EST: gi|88840707|gb|CI080161.1|CI080161
EST:     CCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGCGTCTAC
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EST: gi|29664694|gb|CB660969.1|CB660969
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genomic: TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
EST: gi|44669605|gb|CR283039.1|CR283039
EST:     TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTG                         GTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC
genomic: TCTCCAAGCATCAGGGTGTCCGGTACCTCTTCGGAGATGGTTCCCGGCTGgtatggtccc ... caaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agagtgtgagtgcaacaaatactggtgaactgaccattagttcctcaaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTACATCGAGCAGTATGAGAAGGATTCTTCCAAGACCGGCAGGGATTCGCAGG
                           aactgac  putative branch site (score: 2)
                                        ttcctc  putative PPT
             aacaaata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatggtcccattctgttattgtttgttgaccttataatatccttcattttgtttcttgaaccaaagcaaatgaagtagcacaatttggcattgcaaattcgggtgtttatcgcagagtgtgagtgcaacaaatactggtgaactgaccattagttcctcaaattctagGTGTTCCGCCTCTCTGGAACTGGCTCTGTTGGTGCTACTATCCGTGTCTACATCGAGCAGTATGAGAAGGATTCTTCCAAGACCGGCAGGGATTCGCAGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGCAG