1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' |
gtgagacttgttatatttgtacaatcagcattctttcaagtaaacagtgacattagagtgatgaaaatacaaatcttataaattgatttgctccttttgtctctccttttgccagTGTTATGCTGCTGCTAGACCTGTAATATTGGAACCAGTGATGAAAGTGGAACTAAAAGTTCCTACAGAGTTCCAGGGCACGGTAACCGGTGACATGAACA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g36780.1 |
intron # | 16 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCTATCTATGCTTTTAGACAG TGTTATGCTGCTGCTAGACCTGTAATATTGGAACCAGTGATGAAAGTGGAAEST: gi|89164137|gb|CI101225.1|CI101225
genomic: TCTATCTATGCTTTTAGACAGgtgagacttg ... cttttgccagTGTTATGCTGCTGCTAGACCTGTAATATTGGAACCAGTGATGAAAGTGGAA
EST: TTCTATCTATGCTTTTAGACAG TGTTATGCTGCTGCTAGACCTGTAATATTGGAACCAGTGATGAAAGTGGAAEST: gi|29613091|gb|CB618104.1|CB618104
genomic: TTCTATCTATGCTTTTAGACAGgtgagacttg ... cttttgccagTGTTATGCTGCTGCTAGACCTGTAATATTGGAACCAGTGATGAAAGTGGAA
EST: ATTCCAGCGAACTTGCTTTTAAGTTAGCTTCTATCTATGCTTTTAGACAG TGTTATGCTGCTGCTAGACCTGTAATATTGGAACCAGTGATGAAGGTGGAAEST: gi|29670886|gb|CB667161.1|CB667161
genomic: ATTCCAGCGAACTTGCTTTTAAGTTAGCTTCTATCTATGCTTTTAGACAGgtgagacttg ... cttttgccagTGTTATGCTGCTGCTAGACCTGTAATATTGGAACCAGTGATGAAAGTGGAA
EST: ATTCCAGCGAACTTGCTTTTAAGTTAGCTTCTATCTATGCTTTTAGACAG TGTTATGCTGCTGCTAGACCTGTAATATTGGAACCAGTGATGAAAGTGGAAEST: gi|86849356|gb|CI297811.1|CI297811
genomic: ATTCCAGCGAACTTGCTTTTAAGTTAGCTTCTATCTATGCTTTTAGACAGgtgagacttg ... cttttgccagTGTTATGCTGCTGCTAGACCTGTAATATTGGAACCAGTGATGAAAGTGGAA
EST: ATTCCAGCGAACTTGCTTTTAAGTTAGCTTCTATCTATGCTTTTAGACAG TGTTATGCTGCTGCTAGACCTGTAATATTGGAACCAGTGATGAAAGTGGAAEST: gi|89192591|gb|CI049889.1|CI049889
genomic: ATTCCAGCGAACTTGCTTTTAAGTTAGCTTCTATCTATGCTTTTAGACAGgtgagacttg ... cttttgccagTGTTATGCTGCTGCTAGACCTGTAATATTGGAACCAGTGATGAAAGTGGAA
EST: ATTCCAGCGAACTTGCTTTTAAGTTAGCTTCTATCTATGCTTTTAGACAG TGTTATGCTGCTGCTAGACCTGTAATATTGGAACCAGTGATGAAAGTGGAAEST: gi|88966342|gb|CI119477.1|CI119477
genomic: ATTCCAGCGAACTTGCTTTTAAGTTAGCTTCTATCTATGCTTTTAGACAGgtgagacttg ... cttttgccagTGTTATGCTGCTGCTAGACCTGTAATATTGGAACCAGTGATGAAAGTGGAA
EST: ATTCCAGCGAACTTGCTTTTAAGTTAGCTTCTATCTATGCTTTTAGACAG TGTTATGCTGCTGCTAGACCTGTAATATTGGAACCAGTGATGAAAGTGGAAEST: gi|86255945|gb|CI068394.1|CI068394
genomic: ATTCCAGCGAACTTGCTTTTAAGTTAGCTTCTATCTATGCTTTTAGACAGgtgagacttg ... cttttgccagTGTTATGCTGCTGCTAGACCTGTAATATTGGAACCAGTGATGAAAGTGGAA
EST: ATTCCAGCGAACTTGCTTTTAAGTTAGCTTCTATCTATGCTTTTAGACAG TGTTATGCTGCTGCTAGACCTGTAATATTGGAACCAGTGATGAAAGTGGAAEST: gi|58693580|gb|CK082267.1|CK082267
genomic: ATTCCAGCGAACTTGCTTTTAAGTTAGCTTCTATCTATGCTTTTAGACAGgtgagacttg ... cttttgccagTGTTATGCTGCTGCTAGACCTGTAATATTGGAACCAGTGATGAAAGTGGAA
EST: ATTCCAGCGAACTTGCTTTTAAGTTAGCTTCTATCTATGCTTTTAGACAG TGTTATGCTGCTGCTAGACCTGTAATATTGGAACCAGTGATGAAGGTGGAA
genomic: ATTCCAGCGAACTTGCTTTTAAGTTAGCTTCTATCTATGCTTTTAGACAGgtgagacttg ... cttttgccagTGTTATGCTGCTGCTAGACCTGTAATATTGGAACCAGTGATGAAAGTGGAA
atgaaaatacaaatcttataaattgatttgctccttttgtctctccttttgccagTGTTATGCTGCTGCTAGACCTGTAATATTGGAACCAGTGATGAAAGTGGAACTAAAAGTTCCTACAGAGTTCCAGGGCACGGTAACCGGTGACATGAACA
aattgat putative branch site (score: 29)
tttgctccttttgtct CT-rich tract
aatacaaatcttataa TA-rich tract