1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' |
gtatatggctatctgctttaaagttctctgctccttaaatttattctgcgacattgtttttgcctttttggtatcataaatgactgatgggtcattaccttctgtttctgctaaaacaatttgaaaaactttcctctgttttttttttttttgaacatctgttcagATATGGGTATATGGGAATAGCTTTGAGTCATTCCTTGTTGCTGTGGTCAATCCAAACAAGGAAGCATTGGAGAGCTGGGCTGCAGCAAATGGAATCAGTG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g46750.2 |
intron # | 16 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAGTAGAAAATTTGGAGAACATTTATGGTCTTGTTTCGGCTATAGATTCG ATATGGGTATATGGGAATAGCTTTGAGTCATTCCTTGTTGCTGTGGTCAATEST: gi|58679458|gb|CK068145.1|CK068145
genomic: CAGTAGAAAATTTGGAGAACATTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGATTCGgtatatggct ... atctgttcagATATGGGTATATGGGAATAGCTTTGAGTCATTCCTTGTTGCTGTGGTCAAT
EST: CAGTAGAAAATTTGGAGAACATTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGATTCG ATATGGGTATATGGGAATAGCTTTGAGTCATTCCTTGTTGCTGTGGTCAATEST: gi|87020943|gb|CI269660.1|CI269660
genomic: CAGTAGAAAATTTGGAGAACATTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGATTCGgtatatggct ... atctgttcagATATGGGTATATGGGAATAGCTTTGAGTCATTCCTTGTTGCTGTGGTCAAT
EST: CAGTAGAAAATTTGGAGAACATTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGATTCG ATATGGGTATATGGGAATAGCTTTGAGTCATTCCTTGTTGCTGTGGTCAATEST: gi|27576205|gb|CA998899.1|CA998899
genomic: CAGTAGAAAATTTGGAGAACATTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGATTCGgtatatggct ... atctgttcagATATGGGTATATGGGAATAGCTTTGAGTCATTCCTTGTTGCTGTGGTCAAT
EST: CAGTAGAAAATTTGGAGAACATTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGATTCG ATATGGGTATATGGGAATAGCTTTGAGTCATTCCTTGTTGCTGTGGTCAATEST: gi|86425938|gb|CI071035.1|CI071035
genomic: CAGTAGAAAATTTGGAGAACATTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGATTCGgtatatggct ... atctgttcagATATGGGTATATGGGAATAGCTTTGAGTCATTCCTTGTTGCTGTGGTCAAT
EST: TAGAAAATTTGGAGAACATTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGATTCG ATATGGGTATATGGGAATAGCTTTGAGTCATTCCTTGTTGCTGTGGTCAATEST: gi|29618099|gb|CB623111.1|CB623111
genomic: TAGAAAATTTGGAGAACATTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGATTCGgtatatggct ... atctgttcagATATGGGTATATGGGAATAGCTTTGAGTCATTCCTTGTTGCTGTGGTCAAT
EST: CAGTAGAAAATTTGGAGAACATTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGATTCG ATATGGGTATATGGGAATAGCTTTGAGTCATTCCTTGTTGCTGTGGTCAATEST: gi|27548326|gb|CA766515.2|CA766515
genomic: CAGTAGAAAATTTGGAGAACATTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGATTCGgtatatggct ... atctgttcagATATGGGTATATGGGAATAGCTTTGAGTCATTCCTTGTTGCTGTGGTCAAT
EST: CAGTAGAAAATTTGGAGAACATTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGATTCG ATATGGGTATATGGGAATAGCTTTGAGTCATTCCTTGTTGCTGTGGTCAAT
genomic: CAGTAGAAAATTTGGAGAACATTTATGGTCTTGTTTCTGCTATAGATTCGgtatatggct ... atctgttcagATATGGGTATATGGGAATAGCTTTGAGTCATTCCTTGTTGCTGTGGTCAAT
taaaacaatttgaaaaactttcctctgttttttttttttttgaacatctgttcagATATGGGTATATGGGAATAGCTTTGAGTCATTCCTTGTTGCTGTGGTCAATCCAAACAAGGAAGCATTGGAGAGCTGGGCTGCAGCAAATGGAATCAGTG
tgctaaa putative branch site (score: 2)
tctgttc putative PPT
tgtttttttttttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatatggctatctgctttaaagttctctgctccttaaatttattctgcgacattgtttttgcctttttggtatcataaatgactgatgggtcattaccttctgtttctgctaaaacaatttgaaaaactttcctctgttttttttttttttgaacatctgttcagATATGGGTATATGGGAATAGCTTTGAGTCATTCCTTGTTGCTGTGGTCAATCCAAACAAGGAAGCATTGGAGAGCTGGGCTGCAGCAAATGGAATCAGTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG