1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' |
...cagaaatcctaagttatgctcgtggatggaatctatccatacttaacatatcttgtcagtcttgtacatgtcgttgatatttgagttattatttatcaagGAATCCACGAGTCAAGGTAAGAGTAATTCTGGAGTTATTAGCGCTCAGCAAGCTGAAGATCTTCGTCTGAAGGAGAAAAAGAGAAGGGAGCGTGAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os12g29660.1 |
intron # | 15 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCTGGTTTGCTACTGAGAAGGAAAAGAAACTTTTGGCAAAGGCTGCTAAA GAATCCACGAGTCAAGGTAAGAGTAATTCTGGAGTTATTAGCGCTCAGCAAEST: gi|58693792|gb|CK082479.1|CK082479
genomic: CCTGGTTTGCTACTGAGAAGGAAAAGAAACTTTTGGCAAAGGCTGCTAAAgtaagttcgc ... atttatcaagGAATCCACGAGTCAAGGTAAGAGTAATTCTGGAGTTATTAGCGCTCAGCAA
EST: CCTGGTTTGCTACTGAGAAGGAAAAGAAACTTTTGGCAAAGGCTGCTAAA GAATCCACGAGTCAAGGTAAGAGTAATTCTGGAGTTATTAGCGCTCAGCAAEST: gi|29642473|gb|CB647480.1|CB647480
genomic: CCTGGTTTGCTACTGAGAAGGAAAAGAAACTTTTGGCAAAGGCTGCTAAAgtaagttcgc ... atttatcaagGAATCCACGAGTCAAGGTAAGAGTAATTCTGGAGTTATTAGCGCTCAGCAA
EST: CCTGGTTTGCTACTGAGAAGGAAAAGAAACTTTTGGCAAAGGCTGCTAAA GAATCCACGAGTCAAGGTAAGAGTAATTCTGGAGTTATTAGCGCTCAGCAA
genomic: CCTGGTTTGCTACTGAGAAGGAAAAGAAACTTTTGGCAAAGGCTGCTAAAgtaagttcgc ... atttatcaagGAATCCACGAGTCAAGGTAAGAGTAATTCTGGAGTTATTAGCGCTCAGCAA
acatatcttgtcagtcttgtacatgtcgttgatatttgagttattatttatcaagGAATCCACGAGTCAAGGTAAGAGTAATTCTGGAGTTATTAGCGCTCAGCAAGCTGAAGATCTTCGTCTGAAGGAGAAAAAGAGAAGGGAGCGTGAG
ttgatatttgagttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cagaaatcctaagttatgctcgtggatggaatctatccatacttaacatatcttgtcagtcttgtacatgtcgttgatatttgagttattatttatcaagGAATCCACGAGTCAAGGTAAGAGTAATTCTGGAGTTATTAGCGCTCAGCAAGCTGAAGATCTTCGTCTGAAGGAGAAAAAGAGAAGGGAGCGTGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - -ttatgct
- - - - - - - - - - -gtggatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - -tccatac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtacatg