Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagctgtcttcatatatgcccttggggtagcacgattattatttagaacttggattaactaatatactactgttttaattttttaacagATGTTTTGGTGGTGAAGTACTCGAAGGATATGGAATGACAGAGACATCATGTATCATCTCTGCAATGAATATTGGTGATAGGTTAATTGGTCATGTCGGA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os12g04990.1
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os12g04990.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 14
lower sequence: GRMZM2G176546_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
gtaagctgtcttcatatatgcccttggggtagcacgattattatttagaacttggattaactaatatactactgttttaattttttaacagATGTTTTGGTGGTGAAGTACTCGAAGGATATGGAATGACAGAGACATCATGTATCATCTCTGCAATGAATATTGGTGATAGGTTAATTGGTCATGTCGGA
||||||||||| | | |  || |    ||    | ||||     || |||||||| ||   | | ||  |||||||| ||||| |  | ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| || | |||||||||||| |||
gtaagctgtctccttttgagctcccttgg----atgatt-----ttggaacttggcttgg-tgacat-ttactgtttcaatttct--atagATGCTTTGGTGGTGAAGTTCTTGAAGGCTATGGAATGACGGAGACATCCTGTATCATATCTGCAATGGATATTGGTGACAGATCAATTGGTCATGTTGGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|568356|gb|D39204.1|D39204
EST:     ACTTCAGGCGCTTCTCCATTGTCAGCTGATGTAATGGAATTCCTAAGAAT                         ATGTTTTGGTGGTGAAGTACTCGAAGGATATGGAATGACAGAGACATCATG
genomic: ACTTCAGGCGCTTCTCCATTGTCAGCTGATGTAATGGAATTCCTAAGAATgtaagctgtc ... tttttaacagATGTTTTGGTGGTGAAGTACTCGAAGGATATGGAATGACAGAGACATCATG
EST: gi|58602340|gb|CK012868.1|CK012868
EST:     ACTTCAGGCGCTTCTCCATTGTCAGCTGATGTAATGGAATTCCTAAGAAT                         ATGTTTTGGTGGTGAAGTACTCGAAGGATATGGAATGACAGAGACATCATG
genomic: ACTTCAGGCGCTTCTCCATTGTCAGCTGATGTAATGGAATTCCTAAGAATgtaagctgtc ... tttttaacagATGTTTTGGTGGTGAAGTACTCGAAGGATATGGAATGACAGAGACATCATG
EST: gi|58693358|gb|CK082045.1|CK082045
EST:     ACTTCAGGCGCTTCTCCATTGTCAGCTGATGTAATGGAATTCCTAAGAAT                         ATGTTTTGGTGGTGAAGTACTCGAAGGATATGGAATGACAGAGACATCATG
genomic: ACTTCAGGCGCTTCTCCATTGTCAGCTGATGTAATGGAATTCCTAAGAATgtaagctgtc ... tttttaacagATGTTTTGGTGGTGAAGTACTCGAAGGATATGGAATGACAGAGACATCATG
EST: gi|58659745|gb|CK048425.1|CK048425
EST:     ACTTCAGGCGCTTCTCCATTGTCAGCTGATGTAATGGAATTCCTAAGAAT                         ATGTTTTGGGGGTGAAGTACTCGAAGGATATGGAATGACAGAGACATCATG
genomic: ACTTCAGGCGCTTCTCCATTGTCAGCTGATGTAATGGAATTCCTAAGAATgtaagctgtc ... tttttaacagATGTTTTGGTGGTGAAGTACTCGAAGGATATGGAATGACAGAGACATCATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attattatttagaacttggattaactaatatactactgttttaattttttaacagATGTTTTGGTGGTGAAGTACTCGAAGGATATGGAATGACAGAGACATCATGTATCATCTCTGCAATGAATATTGGTGATAGGTTAATTGGTCATGTCGGA
                                            tttttt  CT-rich tract
                   attaactaatatacta  TA-rich tract