Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatataaaccaccaactgttaaactaatagtgctccttgcatgctttaattcttcttgctttcagtgtgatgtaaatttaacatcttatcttttttccagTTAACAGTTCAGCTGAGTTGGGAGTACTAAACCAATTCCTTCAAGAGTTGCTTGATGGTATTCAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os11g17600.3
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33794765|gb|CF323262.1|CF323262
EST:     CAATAATCCTGTTGCTGTTTCAGAACCTCCTGGAAGCAGTGCCAAACCAA                         TTAACAGTTCAGCTGAGTTGGGAGTACTAAACCAATTCCTTCAAGAGTTGC
genomic: CAATAATCCTGTTGCTGTTTCAGAACCTCCTGGAAGCAGTGCCAAACCAAgtaatataaa ... ttttttccagTTAACAGTTCAGCTGAGTTGGGAGTACTAAACCAATTCCTTCAAGAGTTGC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttaattcttcttgctttcagtgtgatgtaaatttaacatcttatcttttttccagTTAACAGTTCAGCTGAGTTGGGAGTACTAAACCAATTCCTTCAAGAGTTGCTTGATGGTATTCAG
                              atttaac  putative branch site (score: 3)
                                    catcttatcttttttc  CT-rich tract
                        atgtaaatttaacatc  TA-rich tract