Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaaacaatatcctgatgatatgtttggacacatgcaatcagggtaacaaatcattctgatacatgtattccttcttacagGTCTTCACTTGTGTTGCACTGTTCAACACATTGATACCACCATTAAACTCATTCCCATGGGTTATTAATGGAATGATTGAT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g08560.1
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os06g08560.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 15
lower sequence: GRMZM2G081573_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 10
----------------gtaaaacaatatcctga-tgatatgtttggacacatgcaatcagggtaacaaatcatt--ctgatacatgtattccttcttacagGTCTTCACTTGTGTTGCACTGTTCAACACATTGATACCACCATTAAACTCATTCCCATGGGTTATTAATGGAATGATTGAT
                ||||||||||||| ||| ||||||| || |  | ||||  |  |   || |||   |   || |||  || | ||||| |||||||| || |||||||||||||| || |||||| | ||| ||||  |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
attggatgctgccacggtaaaacaatatcatgaatgatatgcttagg-atatgcctttggaccaagaaactttctgctaatatctggaatccttattacagGTATTTACTTGTGTTGCACTCTTTAACACACTAATATCACCGCTAAACTCATTTCCATGGGTTATTAATGGGATGATTGAT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88590300|gb|CI709143.1|CI709143
EST:     ATATTTGCTATAATGGGCCACTCGCTGGATGCTGCCACG                         GTCTTCACTTGTGTTGCACTGTTCAACACATTGATACCACCATTAAACTCA
genomic: ATATTTGCTATAATGGGCCACTCGCTGGATGCTGCCACGgtaaaacaat ... cttcttacagGTCTTCACTTGTGTTGCACTGTTCAACACATTGATACCACCATTAAACTCA
EST: gi|66924378|gb|CX111226.1|CX111226
EST:     TCACCTTTTCCATATTTGCTATAATGGGCCACTCGCTGGATGCTGCCACG                         GTCTTCACTTGTGTTGCACTGTTCAACACATTGATATCACCATTAAACTCA
genomic: TCACCTTTTCCATATTTGCTATAATGGGCCACTCGCTGGATGCTGCCACGgtaaaacaat ... cttcttacagGTCTTCACTTGTGTTGCACTGTTCAACACATTGATACCACCATTAAACTCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggacacatgcaatcagggtaacaaatcattctgatacatgtattccttcttacagGTCTTCACTTGTGTTGCACTGTTCAACACATTGATACCACCATTAAACTCATTCCCATGGGTTATTAATGGAATGATTGAT
                            ttctgat  putative branch site (score: 3)
                                        tattccttctt  putative PPT
                  taacaaat  TA-rich tract