Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgtgacacagagggttctattagttggttttggggggtacaattgcatgcagttgattatataaacatatgacattttgaacaaactttcatttatgcagCTAGCAAAACTGCCACATGATGAGATGGATGCCATAAATAGTTTAAGATACTTGGTTGGTTCAGATACAAAAAAGGCATCACGGCCTGGCGGCTTCTCTC

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g04450.1
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os06g04450.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 15
lower sequence: GRMZM5G830776_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 15
---tgtg-acacagagggttctattagttggttttggggggtacaattgcatgcagttgattatataaacatatgacattttgaacaaactttcatttatgcagCTAGCAAAACTGCCACATGATGAGATGGATGCCATAAATAGTTTAAGATACTTGGTTGGTTCAGATACAAAAAAGGCATCACGGCCTGGCGGCTTCTCTC
    ||  |||     |   ||  ||  |  ||||  |  |     ||  |||   |  || ||  |   || ||| |      || |||||     ||||||| |||| || || ||||||||||| ||||||   |||||| ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||  ||||| || | ||    |||||||
gaaggtacacatgagcgaagcttatatctaattttctgttgagtttttttatgttatgcatcat--agctatgtgatacaac--accaacttattgatatgcagTTAGCGAAGCTTCCACATGATGATATGGATATAATAAATTGTTTAGGATACTTGGATGGTTCAAATACAAAAAAATCATCAAGGACGGGTACTTTCTCTC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|11025592|gb|AU162193.1|AU162193
EST:     TTGTATATCCAGAGAAGTTTGAAGGTGACAAAGGGGAAAAGTTGATGCAG                         CTAGCAAAACTGCCACATGATGAGATGGATGCCATAAATAGTTTAAGATAC
genomic: TTGTATATCCAGAGAAGTTTGAAGGTGACAAAGGGGAAAAGTTGATGCAGgtatttccta ... atttatgcagCTAGCAAAACTGCCACATGATGAGATGGATGCCATAAATAGTTTAAGATAC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catgcagttgattatataaacatatgacattttgaacaaactttcatttatgcagCTAGCAAAACTGCCACATGATGAGATGGATGCCATAAATAGTTTAAGATACTTGGTTGGTTCAGATACAAAAAAGGCATCACGGCCTGGCGGCTTCTCTC
     agttgat  putative branch site (score: 5)
                                        ctttcattt  putative PPT
          attatataaacatatg  TA-rich tract