Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcttgcctcaaagcttgccttgaatcttgatgaatatatatgcctccgtgttgtattcataatgtcaatgctcattttcttacatgacaataatacttccagATGATACATCTGCTGAATTGGGTACATTGAATGATGCTCTTCAAGAACTACTCGATGGAATCCAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g42750.1
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g42750.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 15
lower sequence: GRMZM2G099056_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 15
gtatgcttgcctcaaagcttgccttgaatcttgatgaatatatatgcctccgtgttgtattcataatgtcaatgctcattttcttacatg--acaataatacttccagATGATACATCTGCTGAATTGGGTACATTGAATGATGCTCTTCAAGAACTACTCGATGGAATCCAG
               | |||  |||| |     |  ||||| | | | |   |||  | || ||  | |   |  |  |||| |||  ||   | ||  |  || ||||   ||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||
-------------gtaccttttcttgtactc--actaatatgtgttcgtggatgtaatgttaatgctctatttcttattttttttatgtgttgctatcctgtttacagACAGTACCTCTGCTGAACTGGGTACATTGAATGAAGCTCTTCAAGAATTACTCGATGGAATCCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|66921504|gb|CX108352.1|CX108352
EST:     AGATGATGACCTGAATCTTATGGATCCAGATGGCAATGATCTCAAACCAG                         ATGATACATCTGCTGAATTGGGTACATTGAATGATGCTCTTCAAGAACTAC
genomic: AGATGATGACCTGAATCTTATGGATCCAGATGGCAATGATCTCAAACCAGgtatgcttgc ... atacttccagATGATACATCTGCTGAATTGGGTACATTGAATGATGCTCTTCAAGAACTAC
EST: gi|58665096|gb|CK053782.1|CK053782
EST:     AGATGATGACCTGAATCTTATGGATCCAGATGGCAATGATCTCAAACCAG                         ATGATACATCTGCTGAATTGGGTACATTGAATGATGCTCTTCAAGAACTAC
genomic: AGATGATGACCTGAATCTTATGGATCCAGATGGCAATGATCTCAAACCAGgtatgcttgc ... atacttccagATGATACATCTGCTGAATTGGGTACATTGAATGATGCTCTTCAAGAACTAC
EST: gi|29645303|gb|CB650310.1|CB650310
EST:     AGATGATGACCTGAATCTTATGGATCCAGATGGCAATGATCTCAAACCAG                         ATGATACATCTGCTGAATTGGGTACATTGAATGATGCTCTTCAAGAACTAC
genomic: AGATGATGACCTGAATCTTATGGATCCAGATGGCAATGATCTCAAACCAGgtatgcttgc ... atacttccagATGATACATCTGCTGAATTGGGTACATTGAATGATGCTCTTCAAGAACTAC
EST: gi|58654154|gb|CK042834.1|CK042834
EST:     AGATGATGACCTGAATCTTATGGATCCAGATGGCAATGATCTCAAACCAG                         ATGATACATCTGCTGAATTGGGTACATTGAATGATGCTCTTCAAGAACTAC
genomic: AGATGATGACCTGAATCTTATGGATCCAGATGGCAATGATCTCAAACCAGgtatgcttgc ... atacttccagATGATACATCTGCTGAATTGGGTACATTGAATGATGCTCTTCAAGAACTAC
EST: gi|58602109|gb|CK012637.1|CK012637
EST:     GGATCCAGATGGCAATGATCTCAAACCAG                         ATGATACATCTGCTGAATTGGGTACATTGAATGATGCTCTTCAAGAACTAC
genomic: GGATCCAGATGGCAATGATCTCAAACCAGgtatgcttgc ... atacttccagATGATACATCTGCTGAATTGGGTACATTGAATGATGCTCTTCAAGAACTAC
EST: gi|58612470|gb|CK040182.1|CK040182
EST:     AGATGATGACCTGAATCTTATGGATCCAGATGGCAATGATCTCAAACCAG                         ATGATACATCTGCTGAATCGGGTACATTGAATGATGCTCTTCAAGAACTAC
genomic: AGATGATGACCTGAATCTTATGGATCCAGATGGCAATGATCTCAAACCAGgtatgcttgc ... atacttccagATGATACATCTGCTGAATTGGGTACATTGAATGATGCTCTTCAAGAACTAC
EST: gi|58604329|gb|CK014857.1|CK014857
EST:     AGATGATGACCTGAATCTTATGGATCCAGATGGCAATGATCTCAAACCAG                         ATGATACATCTGCTGAATTGGGTACATTGAATGATGCTCTTCAAGAACTAC
genomic: AGATGATGACCTGAATCTTATGGATCCAGATGGCAATGATCTCAAACCAGgtatgcttgc ... atacttccagATGATACATCTGCTGAATTGGGTACATTGAATGATGCTCTTCAAGAACTAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgttgtattcataatgtcaatgctcattttcttacatgacaataatacttccagATGATACATCTGCTGAATTGGGTACATTGAATGATGCTCTTCAAGAACTACTCGATGGAATCCAG
                             ttcttac  putative branch site (score: 2)
                                              tacttcc  putative PPT
      tattcataat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgcttgcctcaaagcttgccttgaatcttgatgaatatatatgcctccgtgttgtattcataatgtcaatgctcattttcttacatgacaataatacttccagATGATACATCTGCTGAATTGGGTACATTGAATGATGCTCTTCAAGAACTACTCGATGGAATCCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA